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科研服务

ChIP-Seq

常见问题

  • Input是什么,有什么作用

    input是指样本经过超声,但是没有进行ChIP,包含样本超声后总DNA,可以进行电泳,检测超声效果,同时,可以与最后ChIP样本进行比较,看ChIP的效率(如果用同一引物进行PCR,ChIP组和input组亮度差不多,说明ChIP效率高,基本上,样本中所有的目的基因片段都被ChIP下来了,反之,说明效率低,实验条件有待改进)

  • ChIP-seq测序需要多少数据量?

    推荐20M reads /样本的数据量。

  • 文库制备过程是否需要PCR 扩增?PCR 扩增后是否会影响最后的结果?                                    

    基于二代测序平台的ChIP-Seq在文库制备过程中需要进行PCR,主要是为了获得足够上机反应的DNA量,如果提供的DNA样品足量,可减少PCR循环数。因此由PCR引起的偏向性小。                                    

  • DNA 片段范围的跨度会对后续测序有影响吗?

    有影响,定量准确性、测序质量与数据产量都可能受到影响,而且跨度越大,影响越大。通常我们要求打断后DNA电泳主带在100-500 bp 范围内,主峰介于200-300 bp。目前在建库过程中允许的最长跨度为200 bp。
  • ChIP-Seq是否需要做阴性对照测序?

    通常可以选择Input作为对照进行测序,也可根据经费情况灵活安排。
  • 哪些因素会影响ChIP-Seq的结果?

    抗体的质量与特异性、实验设计、ChIP的实验操作、DNA片段长度范围、测序深度、测序质量等都会影响ChIP-Seq的结果。