Small RNA ，长度在 18-30nt，主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Small RNA 测序采用 Illumina 测序平台，研究某一物种特定组织在特定状态下的已知 Small RNA，也可发现新的物种或组织特异Small RNA并预测其靶基因，为研究 Small RNA 的功能及此物种的基因调控机制提供了有力工具，已广泛应用于动植物的研究和医学领域。
Small RNA 实验设计思路为差异比较，常见的类型为实验组与对照组（case VS control），进行两两比较；若考虑时空因素，如按照不同生长发育阶段或者疾病发生发展整个过程进行比较，即进行多重比较分析，然后对差异的miRNA 进行靶基因预测和富集分析。一组样品建议至少 6 个生物学重复。
