Illumina公司推出的MiSeq是一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新款测序仪，每次运行能产生超过1Gb的数据，且占地面积仅为2平方英尺。MiSeq的流程和准确性，让它成为快速且经济的遗传分析的理想平台，适合广泛的应用。同时Illumina已被FDA大量采购并即将通过FDA认证，12年10月，MiSeq系统的测序通量已升级至8G左右。升级通过两个方面完成，一个是cluster密度的增大，升级后cluster密度增加至15-17million，而pair-end读取的reads数目将会增加至30-34million；另一方面是通过测序读长而提升通量，测序读长达到2*300bp，同时测序速度也有所提升。目前，Broad研究院已经利用现有试剂实现了单端测序300bp读长，Illumina目前内部测序更是完成了2*400bp的pair-end测序。而这些，都是保证在高质量数据结果的前提下完成的。
Illumina MiSeq测序时间和数据量
| 读长（bp） | 时间 | 总数据量 | Q30 |
| 1×36 | ～4 hrs | 540-610 Mb | ﹥90% |
| 2×25 | ～5.5 hrs | 750-850 Mb | ﹥90% |
| 2×100 | ～16.5 hrs | 3.0-3.4 Gb | ﹥85% |
| 2×150 | ～24 hrs | 4.5-5.1 Gb | ﹥80% |
| 2×250 | ～39 hrs | 7.5-8.5 Gb | ﹥70% |
Illumina MiSeq读取量比对
| 运行类型 | 通过过滤的读取（百万） | |
| 升级前 | 升级后 | |
| 单端读取 | 5-7 M | 15-17 M |
| 末端配对读取 | 10-14 M | 30-34 M |
Illumina MiSeq四大特性
1、较短的实验周期：从样品制备开始需要8小时即可得到超过100M的高质量测序结果。
2、便捷的样品制备流程：需50ngDNA模板，2小时的自动化操作就可以完成全部样品制备工作。
3、测序原理：MiSeq继续GA和HiSeq平台的边合成边测序的化学原理。
4、完整的整合功能：MiSeq可以独立完成簇生成，双向测序及数据分析工作，让经费和实验室空间不再成为NGS研究的障碍。
Illumina MiSeq应用范围
1、转录组测序
派森诺MiSeq测序平台是基因组已测序物种的转录组分析平台。公司技术团队目前已完成了包括斑马鱼在内的多种植物、动物的转录组测序及分析。
2、宏基因组16S rDNA单V区测序
对16s rDNA的单V区(V3\V4)进行高通量测序，鉴定细菌群和古生菌群。派森诺的技术团队使用Illumina MiSeq测序16S rDNA V4区并结合Roche 454 FLX+测序16S rDNA V1~V3区成功的对鸡的肠道环境细菌进行了鉴定。
3、Small RNA测序
1*35bp的读长配合了小RNA的测序长度，速度快，灵敏度高。派森诺的技术团队目前已完成了鹅的小RNA测序和多种中草药的小RNA测序。
4、重测序：包括全基因组重测序、简化基因组测序、外显子测序。
Illumina MiSeq非常适用于对微生物基因组的重测序，每次运行即可完成一个微生物基因组测序。2011年12月27日，派森诺的技术团队利用MiSeq一次运行同时完成了乳酸菌（Lactobacillus casei Zhang和Lactobacillus casei P8）的重测序，基因组覆盖深度为分别为404倍和213倍，比对至参考序列，基因组实现全覆盖，同时检测到了多种结构变异，包括插入、缺失和SNP位点，并且检测到了全部质粒。
* 以上产品介绍及数据来源于Illumina官方，仅供参考，以Illumina官方为准。
