鱼转录组测序系列文章之八:大黄鱼转录组测序
鱼转录组测序系列文章之八:大黄鱼转录组测序

   简介   

大黄鱼Larimichthys crocea)是中国南部最主要的海洋经济鱼类之一。随着水产养殖业的迅速发展,大黄鱼遭受带有纤毛的体外寄生虫海水白点虫的感染日益严重。因此,了解大黄鱼寄主防御海水白点虫的机制是迫切和必不可少的。

在目前的研究中,已经实现了基于转录组水平分析大黄鱼体内的海水白点虫对寄主的影响,中国水产科学研究院东海水产研究所的尹飞副研究员和他的团队通过取三条不同处理大黄鱼(A为对照,BC为不同浓度处理)的免疫相关组织样品进行测序,分别得到15,826,911, 16,462,921,15,625,433clean reads,拼接总共得到30,509unigenesB/A, C/A, and C/B 之间两两比较发现分别有9729001126个差异基因。 对差异基因中与免疫相关基因的统计发现, B/A 两两比较有48个差异基因,其中B26个上调基因和22个下调基因;C/A两两比较发现C7个上调基因和32个下调基因;C/B 两组中C11个基因表达上调,29个基因表达下调。用非致死浓度的海水白点虫感染后发现凝血和纤溶系统处于高度活跃状态;在感染早期阶段补体旁路可能发挥了重要作用。这些结果表明,低浓度的感染可以显著诱导鱼类免疫学反应,然而,若鱼类处在致命的浓度下时,免疫力则被抑制。

该研究成果Transcriptome and analysis on the complement and coagulation cascades pathway of large yellow croaker (Larimichthys crocea) to ciliate ectoparasite Cryptocaryon irritans infection2016119日发表在Fish and Shellfish Immunology(影响因子2.674)杂志上。大黄鱼的转录组测序及信息分析工作,由上海派森诺生物科技股份有限公司完成,这也是派森诺生物第八篇鱼类转录组测序文章。


   实验方法   

对大黄鱼分别进行不同寄生虫浓度处理,取脾脏、肾脏、肝脏和鳃、鱼皮进行转录组测序。


   样本量   

3个样本


   测序平台   

Illumina MiSeq 平台


   分析内容   

 

  •  共有基因和特有基因分析 
  •  基因表达差异分析
  •  eggNOG注释
  •  KEGG注释
  •  qPCR验证

 


   实验结果   

三个样品分别得到15,826,911, 16,462,921, and 15,625,433clean reads,拼接总共得到30509unigenesB/AC/Aand C/B 之间两两比较发现分别有 972, 900, 1126 个差异基因。

结果表明,低浓度的感染可以显著诱导鱼类免疫学反应,然而,若鱼类处在致命的浓度下时,免疫力则被抑制。为获得更多寄生虫与宿主之间相互作用的信息提供分子生物学基础,也为水产养殖业提供参考和依据。


   结果展示   

 
转录组测序之大黄鱼eggNOG基因功能注释图 
图1 eggNOG基因功能注释
 

转录组测序之大黄鱼差异基因的GO富集分析图

图2 差异基因的GO富集分析


转录组测序之大黄鱼火山图和MA图

图3 火山图和MA图


转录组测序之大黄鱼差异基因的KEGG富集分析图

4 差异基因的KEGG富集分析


   参考文献   

  Fei Yin, Quanxin Gao, el. Transcriptome and analysis on the complement and coagulation cascades pathway of large yellow croaker (Larimichthys crocea) to ciliate ectoparasite Cryptocaryon irritans infection. Fish and Shellfish Immunology. 2016: 1-15

DOI: 10.1016/j.fsi.2016.01.022

本文由派森诺技术支持徐宁宁整理