全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，BS‑Seq）是目前分辨率最高、应用最广泛的 DNA 甲基化检测技术。该技术通过亚硫酸氢盐（Bisulfite）处理，将基因组中未发生甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），并在后续 PCR 中变为胸腺嘧啶（T），而发生甲基化的胞嘧啶则保持不变；结合高通量测序，可在单碱基分辨率水平上，获得整个基因组范围内每一个胞嘧啶位点的甲基化状态、甲基化水平与分布特征。
935K DNA甲基化芯片是一种全基因组甲基化筛选工具，靶向人类甲基化组最具生物学意义的区域中超过 935,000 个 CpG 位点。
ATAC-seq是一种利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术。其核心原理基于工程化Tn5转座酶对开放染色质区域的特异性切割与捕获。Tn5转座酶经预先装载已知接头序列，可在开放染色质区域同时完成DNA切割与接头连接。随后，通过带有P5、P7及index序列的引物进行PCR扩增，即可构建测序文库，最终通过高通量测序获得全基因组范围内染色质开放区域的信息。
CUT&Tag是新一代蛋白质 - DNA 互作研究核心技术，以低起始量、高信噪比、快速建库为核心优势，全面替代传统 ChIP‑seq，广泛用于表观遗传、转录调控、单细胞测序等前沿研究。高效检测染色质结合蛋白或组蛋白修饰的精确位点。核心原理是在细胞内直接完成抗体识别靶蛋白、Tn5转座酶靶向切割并插入测序接头，大幅提高信噪比。
染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）被用于分析蛋白质与DNA的交互作用。该技术将染色质免疫沉淀（ChIP）与大规模并行DNA测序结合起来以鉴定与DNA相关蛋白的结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点。
RNA 免疫沉淀 (RNA Immunoprecipitation，RIP) 是一种基于抗体的技术，用于定位体内的RNA-蛋白质相互作 用，将所关注的RNA结合蛋白(RBP)与其结合的RNA一起进行免疫沉淀，鉴定结合转录RNA，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。
DAP-seq (DNA affinity purification sequencing,DNA亲和纯化测序)可以将标记的转录因子添加到DNA库中，目的蛋白特异性结合DNA，然后分离配对的DNA-蛋白，对DNA建库测序。