2017-05-10
SMRT（Single Molecule, Real-Time）测序，即单分子实时测序，该方法基于纳米小孔的单分子读取技术，无需扩增即可快速完成序列读取。Pacific Biosciences自2013年成功推出商业化的三代测序仪PacBio RSII后，三代测序开始被广泛应用于基因组学、转录组学研究中。三代测序技术通过其独有的环形一致性测序模式（Circular-consensus sequence，CCS），极大提高单碱基测序的准确率，远超Illumina等二代测序技术。与传统转录组测序项目相比，利用PacBio平台的全长转录组测序技术可以直接获得mRNA的全长，保证了mRNA序列的精确性。
2016年2月，中国医学科学院药物研究所发表题为Global identification of the Full-Length Transcripts and Alternative Splicing Related to Phenolic Acid Biosynthetic Genes in Salvia miltiorrhiza的文章，以丹参根的周皮、韧皮部、木质部以及根，茎，花为材料，分别通过全长转录组测序以及二代测序方法，揭示酚酸生物合成过程中基因的可变剪接事件，并优化和提升了基因组的注释。
1 研究目的
丹酚酸为丹参的主要生物活性成分，丹酚酸生物合成过程已有较多的研究，但仅限于第二代测序平台的短片段研究。本文采用第三代结合第二代的组合测序模式，对丹参根的不同组织进行全长转录组测序，用以研究丹酚酸生物合成的机制以及筛选关键的候补基因。
2 研究方法
取3年生的丹参植物，根的周皮、韧皮部、木质部3个部分进行混合后使用PacBio RSII进行全长转录组测序；同时将丹参的根、 茎和花使用二代测序 Illumina Hiseq进行转录组测序。
3 分析结果
本文利用全长转录组测序数据以及相关的二代转录组数据，分别展开分析。我们的结果提供鉴定迷迭香酸生物合成过程中的15个基因的全长，并发现4个基因存在可变剪接；而且，我们证明了根的韧皮部和木质部可以积累单酚酸B，符合迷迭香酸生物合成中相关关键基因的表达模式。根据这个共表达模式，预测了6个细胞色素P450s和5个漆酶候补基因参与丹酚酸A合成通路。
4 参考文献
Xu Z, Luo H, Ji A, et al. Global Identification of the Full-Length Transcripts and Alternative Splicing Related to Phenolic Acid Biosynthetic Genes in Salvia miltiorrhiza [J]. Frontiers in Plant Science, 2016, 7(e46679):100.
