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科研服务

SSR分子标记开发

微卫星 (Microsatellite) 又称小串联重复 (Short Tandem Repeats, STRs)(Simple Sequence Repeats, SSR)。在各种真核生物基因组中,分布广且比较均匀。平均每 6 kb 长度中就有 1 个微卫星位点 (Beckmann Weber1992)。但随着每个重复单位碱基长度的增加,微卫星位点的总数减少。具有突变速率快、多态性高等特点。

SSR 分子标记开发是指对多个混合样品的全基因组 DNA 构建基因组文库,利用探针,采用磁珠富集法富集得到SSR 的核心区域及两端的保守序列区域,采用第二代高通量测序平台对文库进行序列测定,利用生物信息学的分析方法获得具有多态性的 SSR 序列并设计引物。

应用领域


       ◇ 遗传图谱构建            ◇ 种质鉴定            ◇ 遗传多样性分析            ◇ 基因定位           ◇ 数量性状基因座(QTL)分析



产品参数


测序平台及模式

Illumina MiSeq, PE250

样本选择及数据量

1-5 个样,推荐1.0   Gb;

5-10 个样,推荐1.5   Gb;

10-20 个样,推荐2.0   Gb;

备注:不同样本分别提取DNA后等量混合建库

DNA样本量

总量≥1.0 μg,浓度≥20 ng/μl

(总样本)

项目周期

标准分析36天

交付指标

提供不少于100对引物(经过筛选后具有多态性的)

参考基因组

有参、无参均可