一、数据质量
NextSeq下机数据R1端碱基质量分布图
NextSeq下机数据R2端碱基质量分布图
NextSeq测试数据质量表格
✅从以上数据图表可以发现,NextSeq_PE300结果数据质量更高,碱基质量Q30平均可以达到90%左右,远远高出官方提供标准,数据利用率也会大幅提升;
二、数据分析结果展示
NovaSeq与NextSeq——门和属水平物种相对丰度柱形图
MiSeq与NextSeq——门和属水平物种相对丰度柱形图
✅无论是门水平还是属水平物种组成分析结果,都可以看出,几种测序平台得到的物种组成及丰度分布保持高度一致,优势物种分布无差别;
NovaSeq与NextSeq——Alpha多样性分析结果
MiSeq与NextSeq——Alpha多样性分析结果
✅Alpha多样性分析结果显示,几种测序平台间样品内微生物的丰度程度及多样性程度基本一致;
NovaSeq与NextSeq——Beta多样性分析结果
MiSeq与NextSeq——Beta多样性分析结果
✅同时,Beta多样性分析结果显示,几种测序平台的同一样品物种组成及丰度分布基本一致,且高度相关。
上述结果表明,作为Illumina测序系统中的拥有长度长模式的“新贵”,NextSeq平台不仅能获得和NovaSeq与MiSeq平台高度一致的菌群组成结构,而且在测序质量上,也相比Q30>70%的MiSeq PE300模式官方质控标准,有了大幅提升!更重要的是,NextSeq的测序通量至少是MiSeq平台的4倍以上,能轻而易举的实现大样品量、高测序量的长片段样品,对于低丰度物种的探测、以及菌群整体组成的分辨率也将更精细!