利用高通量测序检测转座酶易接近的染色质的技术。在 ATAC-seq 技术中,DNA 探针(作为转座子发挥作用)通过酶促反应(转座酶Tn5)被整合到基因组的开放区域,然后通过测序来鉴定这些区域。
ATAC-seq 技术可以进行样本之间差异的染色质开放位点的比较。ATAC-seq 技术作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式,与样本基因表达谱紧密相连,从靶标基因的表观状态关联到表达水平,具有强大的数据挖掘作用。此外,通过关联基因组、外显子,染色质免疫共沉淀(组蛋白修饰或转录因子结合)测序信息,形成:表观调控-基因组-基因表达的完整调控链。
实验设计:
实验组 vs 对照组
测序模式:用Illumina Novaseq 6000测序,测序策略为PE150
生物学重复:推荐细胞系、模式生物做2-3次生物学重复;人的组织可以做1次生物学重复。