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科研服务

真菌基因组de novo测序


真菌全基因组从头测序(Fungi Whole Genome de novo Sequencing),是指对基因组序列未知或无近缘物种基因组信息的某个物种,构建不同插入片段的基因组DNA文库并对文库进行序列测定,然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释,从而获得该真菌的全基因组序列图谱。



产品参数



产 品

文库插入片段大小(bp)

测序平台及测序模式

测序深度

交付指标

项目周期

框架图A

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

无基因预测和注释

30 个自然日

框架图B

400 ~ 500

Illumina HiSeq,PE150

~100 ×

无基因预测和注释

35 个自然日

框架图C

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

含基因预测和注释

40 个自然日

框架图D

400 ~ 500

Illumina HiSeq,PE150

~100 ×

含基因预测和注释

45 个自然日

 完成图

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

简单真菌1

Contig N50 ≥ 500 kb 复杂真菌2

Contig N50 ≥ 300   kb

 60 个自然日

20,000

PacBio

~100 ×


1、简单真菌:35% ≤ G+C% ≤ 65% 且杂合度 ≤ 0.5%且基因组 ≤ 40 Mb 

2、复杂真菌:G+C% > 65% G+C% > 35%或杂合度 > 0.5%或基因组 > 40 Mb 

   Contig N50:将组装得到的 Contig  按序列长度从长到短排序并依次累加,当累加长度正好达到序列总长度  50%  时,最后一条序列的长度。