长链非编码 RNA（Long non-coding RNA, LncRNA）是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA（不含 rRNA）。研究表明 , LncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，成为遗传学研究热点。通过 LncRNA 测序，可以快速获得与其生物学过程或者疾病相关的 LncRNA 表达变化，促进其深入研究。
LncRNA 实验设计思路为差异比较，常见的类型为实验组与对照组（case VS control），进行两两比较；若考虑时空因素，如按照不同生长发育阶段或者疾病发生发展整个过程进行比较，即进行多重比较分析，然后对差异的LncRNA 进行靶基因预测和富集分析。一组样品建议至少 6 个生物学重复。
