2024-03-26
空间转录组测序通过将组织切片的高通量转录组分析和形态学背景结合，让科研工作者更好的了解发育和疾病过程中细胞与细胞的相互作用关系。目前，派森诺为广大科研工作者提供了多种空间转录组解决方案，适用于不同物种、场景和研究方向，下面就跟随小派一起领略一下10×Genomics空间转录组学队伍的精神风貌和作战特征！
1.Visium Visium 空间基因表达玻片包含四个6.5mm×6.5mm的捕获区域，每个捕获区域内包含约5000个55 µm直径的带有空间位置标签的圆形spot点，spot点之间间隔45 µm，在组织切片上原位捕获mRNA。 实验原理 项目流程 2.Visium Cytassist Visium Cytassist空间基因表达玻片包含两个6.5mm×6.5mm的捕获区域，每个捕获区域内包含约5000个55 µm直径的带有空间位置标签的圆形spot点，spot点之间间隔45 µm。 实验原理 针对人和小鼠的约18000 个基因设计了基因探针，设计位点在基因编码区，尽可能保守（每一个基因都有至少一对probe以靶定RNA的特定序列，probe之间没有碱基间隔，一对probe的设计可以有效降低假阳性）。 项目流程 3.Visium Cytassist（HD） Visium Cytassist HD空间基因表达玻片包含两个6.5mm×6.5mm的捕获区域，每个捕获区域内包含数百万个2 x 2 µm带有空间位置标签的小方格，小方格连续排列“无间隙”，实现了单个细胞的分辨率。 实验原理 项目流程 4.Xenium 通过靶向探针与强大的光学元件、数据采集和精确解码技术相结合，能够以亚细胞分辨率在整张切片上快速检测大量靶点的组织原位表达水平；将FF或FFPE组织切片置于Xenium载玻片上， FF样本进行固定和透化、FFPE样本进行脱蜡和解交联；利用可环化的DNA探针与切片中互补的靶RNA杂交。 实验原理 过量的，未结合的探针在杂交后的清洗步骤中被冲走，在去除未结合的探针后，添加一个连接酶将探针进行连接，并进行滚环式扩增；进行自身荧光淬灭和DAPI染色。组织原位的特异性扩增产物经过多轮荧光探针杂交，成像和探针去除，形成原位荧光信号序列，仪器解码这个荧光序列即可获得该位置所属基因。 5.送样要求
