2017-04-27
生物种（species）的概念最早由亚里士多德在距今约 2400 年前提出，自此以后，各学科的分类学家致力于将自然界中的生物个体划定为某一个生物学分类单元。时至今日，由于物种的系统分类很难有统一的划分标准，很多物种的分类仍然具有很大的争议，而原核生物的系统分类尤其具有挑战性。
原核生物的系统分类可分为三个独立且相互关联的领域：即分类（Classification）、命名（Nomenclature）和鉴定（Identification）。分类是根据细菌的相似性或亲缘关系将细菌归入到不同的分类类群；命名是根据国际细菌命名法规给细菌分类单元以科学名称；鉴定是确定一个新的分类菌株是否是属于已经命名的分类单元的过程。
原核生物的系统分类最初主要是依据表型数据，如细菌的形态（杆菌、球菌和螺旋菌）、革兰氏染色、有无芽胞、有无鞭毛、是否能运动，生长条件，生理生化指标和致病性等。这些信息构成了第一版伯杰氏细菌手册（1923）中细菌分类、鉴定的基础。1947 年，第四届国际微生物会议批准了细菌的命名法规。20 世纪 60 年代，DNA-DNA 杂交技术（DDH）引入用于衡量细菌之间的遗传相关性，20 年后，该技术被广泛用于细菌的分类。20 世纪 80 年代，随着 PCR 技术的发展，16S rRNA 基因序列逐渐成为细菌系统分类的主要标的物。除了16S rRNA 之外，其它看家基因（dnaJ，dnaK，gyrB，recA 和 rpoB）也常用于多序列位点分型，作为细菌分类鉴定的参考。
随着高通量测序技术的发展，测序成本不断下降，而每年获得的细菌全基因组序列数量呈现指数式增长，截止 2017 年 4 月 26 日，在 GenBank 数据中公布的原核生物的基因组序列数量为 96,625 个。大量基因组序列的可获得，使细菌的分类鉴定迈入了一个全新的领域。基于全基因组平均核苷酸序列一致性（Average Nucleotide Identity，ANI）的分类方法成为细菌分类鉴定的金标准。
