2024-05-11
一、比较组增加或调整顺序 A、在 两两比较差异分析 里调整比较组结果： 1、在 单变量统计分析 的分析设置里选择比较方案，重新设置比较组，再运行。 2、在 多元统计OPLS-DA分析 的分析设置里选择之前创建的比较方案，再运行。 备注：因为代谢组筛选差异的是 单变量统计分析里的p值 和 OPLS-DA 里的VIP值，所以这两部分最重要。PCA和PLS-DA调整也和本节调整流程一致。 3、在 差异物质筛选 的分析设置里选择前二步生成的新的分析记录号，再运行。 备注：代谢组通常以严格的 OPLS-DA VIP>1 和 P value < 0.05 为显著性差异代谢物筛选标准。 4、后面几节，都是只需要在分析设置里选择 差异物质筛选 生成的新的分析记录号，再运行即可。 备注：KEGG富集需要选择物种，也可以选物种大类。 备注：分析完后查看，需要选择新的分析记录号，origin是原始的结果。 B、在 多组比较差异分析里调整比较组结果（备注：如果分组表表中没有多组比较设置的话，在超过三个组情况下，我们会随机选择一个三组比较进行分析，如果需要更改多组比较，可以参考这里）： 1、在 多组比较分析 的分析设置里选择比较方案，重新设置比较组，再运行。 备注：因为多组比较代谢组筛选差异的是 多组比较分析里的p值，所以这一部分最重要。PCA和PLS-DA调整也参考本节调整流程（多组比较做不了OPLS-DA）。 2、在 差异物质筛选 的分析设置里选择前一步生成的新的分析记录号，再运行。 3、后面几节，都是只需要在分析设置里选择 差异物质筛选 生成的新的分析记录号，再运行即可。 备注：KEGG富集需要选择物种，也可以选物种大类。 二、剔除样本分析 直接在 分析设置 里将不需要的样品（离群样品）点掉，然后运行。 备注：需要在 单变量/多元统计 中都点掉离群样本再运行，然后参考 一、比较组增加或调整顺序 对后续章节进行调整（即基于新的分析记录号先重新分析 差异物质筛选 ，再基于 差异物质筛选 新的记录号分析 差异物质venn-富集分析 章节）。
三、重新设置分组 1、在 分析设置→分组方案 中点击+，进入设置界面；新建组名，点击需要放入该组别的样品，点击确认。 2、选中新建的 分组方案 后，在 比较方案 中点击+，进入设置界面；设置比较组情况，点击确定；再选中新的 比较方案 名称，运行。 备注：设置分组在 两两比较差异分析/多组比较差异分析 中的 单变量/多元统计 中。上两步设置完后可以参考 一、比较组增加或调整顺序 对后续章节进行调整（即基于新的分析记录号先重新分析 差异物质筛选 ，再基于 差异物质筛选 新的记录号分析 差异物质venn-富集分析 章节）。 四、差异阈值调整 代谢组学通常以严格的 OPLS-DA VIP > 1 和 P value < 0.05 为显著性差异代谢物筛选标准。当差异代谢物筛选到的非常少/多的时候，有时候也是可以调整筛选差异的阈值。 在我们云平台中，提供了一共三项筛选指标（显著性、差异倍数、VIP）： a、显著性默认是按照pvalue 0.05水平筛选，可以点击 显著性检验 选择更严格的padjust， 显著性水平 一般需要满足0.05，但是在满足VIP > 1的条件下也有放宽到0.1的； b、差异倍数（Foldchange，FC）默认显示为1，即不对差异倍数进行限制，也有调整到2倍； c、VIP（变量权重值，由OPLS-DA分析得到）默认显示为1，一般情况下代谢组需要满足 VIP > 1，如果不想对VIP指进行显示的话可以填0（多组比较为PLS-DA分析得到，默认不限制）。 在 差异物质筛选 中可以调整差异筛选的阈值，设置新的阈值后点击运行，再基于 差异物质筛选 新的记录号分析 差异物质venn-富集分析 章节。 阈值参考： pvalue < 0.05 + VIP > 1；pvalue < 0.05 + FC 2 + VIP > 1；pvalue < 0.1 + FC 2 + VIP > 1；pvalue < 0.1 + VIP > 1；FC 2 + VIP > 1等。
