2017-04-26
丹酚酸为丹参的主要生物活性成分，丹酚酸生物合成过程已有较多的报道，但仅限于第二代测序平台的短片段研究，很难阐述同一个基因的不同的转录本及可变剪接。
以PacBio公司的SMRT单分子实时测序技术（Single molecule real-time sequencing）为代表的三代测序技术，通过其独有的环形一致性测序模式（Circular-consensus sequence，CCS），极大提高单碱基测序的准确率，远超Illumina等二代测序技术。与传统转录组测序项目相比，利用PacBio平台的全长转录组测序技术可以直接获得mRNA的全长，保证了mRNA序列的精确性。
去年，Front Plant Sci杂志在线发表一篇题为Global Identification of the Full-Length Transcripts and Alternative Splicing Related to Phenolic Acid Biosynthetic Genes in Salvia miltiorrhiza的文章，该文章利用第二代+第三代的组合模式，对丹参的根进行转录组测序，研究丹酚酸的生物合成。
1. 研究目的
利用全长转录组测序技术获取丹参中丹酚酸生物合成基因的转录本，并进行可变剪接研究。
2. 研究方法
丹参根组织，将周皮、韧皮部、木质部混合，利用PacBio平台进行全长转录组测序；
将周皮、韧皮部、木质部分别进行二代转录组测序。
3. 分析结果
本文利用全长转录组测序数据及先前得到的二代转录组数据，分布开展分析。鉴定迷迭香酸生物合成过程中的15个基因的全长，并发现4个基因存在可变剪接；预测6个细胞色素P450s和5个漆酶相关基因参与丹酚酸A合成通路。
图1 丹酚酸在根不同部位的含量
图2 酚酸通路相关基因的结构和可变剪接
图3 CYP450s的基因结构、可变剪接及表达模式
