2024-05-21
真菌作为一类广泛存在于自然界中的微生物，具有极高的生物多样性。通过对其进行基因组组装，我们可以获得完整的遗传信息，进而理解其生命活动的分子机制。染色体/T2T水平的基因组组装能够提供更高精度的数据，确保基因组的完整性，更深入地了解真菌的遗传特性、代谢途径、生态功能等信息。今天，小派隆重地宣布，即日起推出染色体级别和T2T级别真菌基因组组装项目，让我们一起打开一个充满无限可能的真菌新世界吧。
1、产品介绍 真菌Denovo-染色体：通过采用二代，三代加HiC的测序策略，不依赖已知的参考基因组序列，实现染色体级别的真菌精细图组装。 真菌Denovo-T2T：在常规染色体级别基因组测序策略上增加超长ONT，轻松跨越复杂结构，实现端粒和着丝粒的分析，得到高质量的0 gap 基因组。
2、产品优势 相对于传统的真菌产品，真菌Denovo-染色体和真菌Denovo-T2T拥有更强的完整性，更高的准确性，更好的连续性！ 项目类型 组装结果 完整性 准确性 连续性 真菌框架图 Scaffold水平 中等 中等 差 真菌近完成图 近染色体水平 好 高 好 ☆真菌Denovo-染色体 染色体水平 较好 较高 较好 ☆真菌Denovo-T2T 0 GAP基因组 最好 最高 最好
3、测序策略 针对不同需求，采用不同测序策略~ 项目类型 测序平台 测序数据量 真菌Denovo-染色体 (<40M) Illumina Novaseq 4G Pacbio Revio/ONT 4G HiC 4G 真菌Denovo-T2T (<40M) Illumina Novaseq 4G Pacbio Revio/ONT 4G HiC 4G 超长ONT 1个cell
4、技术路线 完善的组装流程 + 全面的分析内容 真菌Denovo-染色体 真菌Denovo-T2T
5、部分分析内容展示 Hi-C 组装染色体互做热图 着丝粒与端粒分布图 k-mer深度分布图 染色体 gap 统计 KEGG分类图 GO分类图 CAZy分类图 eggNOG功能分类图 TCDB分类图 基因组圈图
6、派森诺案例分享 【IF = 8.2】高质量染色体级别银耳基因组助力岩藻多糖(TPS)的合成途径研究 文章题目：A chromosome-scale genome and proteome draft of Tremella fuciformis 发表期刊：International Journal of Biological Macromolecules 测序平台：Illumina + Pacbio + HiC 分析内容：真菌染色体级别基因组组装，ANI分析，共线性分析，差异基因表达分析等 技术路线 结果展示 银耳基因组圈图 ANI分析 比较基因组圈图 研究结论 本研究首次组装了一个染色体水平的银耳基因组，共10条染色体，基因组大小为27.38Mb。利用鸟枪法蛋白质组学发现了68.1%的蛋白编码基因。研究还获得了TPS生物合成相关基因，并通过比较转录组学和蛋白质组学揭示了它们在DM和FBMds中的差异表达。本研究为银耳属的生物学和遗传学的进一步探索奠定基础。
