2024-05-28
空间转录组测序是一项将组织病理学与转录组学相结合，还原组织中各个空间位点细胞信息、基因表达信息的技术，结合显微成像和测序技术在获得基因表达数据的同时最大程度地保留样本的空间位置信息，这让科研工作者更好地了解发育和疾病过程中细胞相互作用的复杂性。利用10x Genomics空间转录组技术发表的文献已有500+，但基于55µm spot检测的分辨率无法达到单个细胞的水平。为了更精确地区分和表征组织内的细胞多样性和疾病状态，科研工作者亟需空间分辨率更高的技术。下面来跟小派一起回顾下10x Genomics Visium HD~ 【Visium HD空间转录组 | 您的空间转录组“显卡“已升级！】
10× Visium HD介绍 Visium HD空间基因表达玻片包含两个6.5mm×6.5mm的捕获区域，每个捕获区域内包含1100万个2 x 2 µm带有空间位置标签的小方格，小方格连续排列“无间隙”，实现全组织覆盖，更加还原组织的空间结构信息，获得数据可根据不同细胞大小选择合适的最小分析单位（10×官方推荐合并为8 μm × 8 μm，也可以根据细胞大小调整分析单位），实现单细胞水平的空间组织结构分析。 Visium HD 空间基因表达玻片示意图
10× Visium HD内测数据质控解读 迄今，10x Genomics官方近期释放了4例Visium HD 内测数据，分别是人类肺癌、人类结肠癌、小鼠大脑和小鼠小肠，具体见官方链接（Datasets - 10x Genomics），小派分析了其中的小鼠小肠FFPE样本Visium HD 数据，如下： 该样本8 μm的bin为单位，组织覆盖到的 Bin（spots ）为 351817个，每个 Bin 平均捕获到的 reads 数为922.7个，每个 Bin 平均捕获到的 UMI 数为392.4，捕获到的总的基因数目为19029个（小鼠探针总基因数为19059个，实际检测到了19029个，证明Visium HD探针在小鼠样本中捕获效率非常高！）
降维聚类分析：Spaceranger 对小鼠小肠样本分别进行 Bin 8µm 和 Bin 16µm 的降维聚类以及差异分析，并展示了降维聚类图和差异基因列表。 小鼠小肠Bin 8µm 和 Bin 16µm 降维聚类数据 10× Visium HD送样要求和质控要求 送样要求 目前仅限人和小鼠的FFPE样本，即可送石蜡包埋块，也可送贴好的切片或HE 染色的片子 石蜡包埋块：大小≤ 6.5×6.5mm，厚度大于 3 mm； 贴好的切片 & HE 染色的片子：至少需要送15-20 张 4-5μm 的切片； 石蜡包埋/切片样本，均需避光常温运输，如遇天气炎热，可放 2-4 个冰袋。 质控要求 DV200（长度大于200bp的RNA 片段占比）＞30% & HE染色结构符合客户要求 现在10× Visium HD买一送一活动正在火热进行中(【派森诺周年特价回馈】π Day：13→14跨越无限”)，感兴趣的老师可以联系我们当地销售同事咨询~~
