2024-07-03
前言
派森诺细菌基因组在客户的宝贵建议下，持续焕发着活力，不断地进行自我革新与进化。经过精心打磨与多方智慧的融合，我们再次实现了重大的升级与蜕变！全新的细菌框架图与完成图，以焕然一新的面貌惊艳亮相，它们将以更加精准、清晰的方式，呈现细菌基因组的奥秘与魅力！！
接下来，让我们怀揣着期待与好奇，率先揭开派森诺升级后细菌框架图&完成图的神秘面纱，携手开启一段全新的探索之旅，共同谱写科学研究的崭新篇章！
一、细菌De novo升级后分析概况
新升级的分析内容，包括细菌基因组组装质量、分析项目、数据库的升级等。目前对细菌框架图和完成图两个产品都进行了升级，大家可根据项目需要进行选择。
【图】以完成图为例的分析概况
二、升级后全新亮点
亮点一
Pacbio三代测序由Pacbio Sequel II平台升级为Pacbio revio平台
1.缩短测序周期：和Sequel IIe相比，Revio测序仪通量提升了15倍;
2.准确性提高：相较于二代数据Q31（99.92%），CCS数据准确性Q20（99%），HiFi数据准确性可达Q33（99.95%）;
3.变异检出率也会提高，尤其是InDel、SV大片段检出率。
亮点二
全面的基因组评估分析
基因组评估包括：K-mer频率分布分析、GC_depth分布、基因组覆盖度分析、cherkM软件对基因组质量评估、GTDB物种分类分析，满足在发文章的时候审稿人要求自证发表的基因组没有问题的要求。
【图】K-mer深度分布图
【图】GC_depth分布图
【图】基因组覆盖图
表checkM基因组评估
亮点三
进行MLST、cgMLST细菌分型分析
细菌分型，作为微生物学领域中的一项关键技术，旨在深入剖析并揭示不同菌株之间的内在联系与差异。细菌分型不仅有助于明确病原菌与污染菌的特定属性，还能追溯其来源与演变历程，为疫病污染的监测与防控提供坚实的科学依据。在流行病学研究的广阔领域中，细菌分型的确立具有不可估量的价值，它如同构建了一座桥梁，连接着病原体的微观世界与宏观的公共卫生策略，为深入探索病原传播规律、制定有效防控措施奠定了坚实的理论基础。
【图】MLST分型示例图
【图】cgMLST分型最小生成树示例图（群体样本分析）
亮点四
构建16S与核心基因进化树，并增加ANI分析
无需老师提供参考基因组，根据老师的物种选择同属20个样本进行16S进化树与核心基因进化树构建。
【图】16s进化树
【图】核心基因进化树
亮点五
增加比较基因组分析
增加比较基因组分析，丰富文章内容包括基因组家族分析，特有基因GO和KEGG富集分析。
【图】基因家族分析韦恩图
【图】特有基因GO富集
【图】特有基因KEGG富集
亮点六
完善的致病系统数据库
毒力基因、耐药基因（CARD ）、抗生素抗性基因、信号肽预测、分泌蛋白预测、转运蛋白、双组分系统等分析，全面挖掘耐药基因满足对致病菌研究。
【图】病原与宿主互作数据库
【图】TCDB功能二级分类图
三、派森诺部分细菌De novo高分文章
物种名 | 期刊名 | 2024年影响因子/JCR分区 | 年份 | 文章题目 |
红球菌 | Journal of Hazardous Materials | 12.2/Q1 | 2022 | An amidase and a novel phenol hydroxylase catalyze the degradation of the antibacterial agent triclocarban by Rhodococcus rhodochrous |
路氏肠杆菌 | GREEN CHEMISTRY | 9.3/Q1 | 2022 | Insights into the molecular mechanism of a new efficient whole-cell biocatalyst Enterobacter ludwigii YYP3 in 5-hydroxymethylfurfural reduction |
有益杆菌 | ENVIRONMENTAL RESEARCH | 7.7/Q1 | 2022 | A novel Diaphorobacter sp. strain isolated from saponification wastewater shows highly efficient phenanthrene degradation |
海洋弧菌 | msystems | 5.0/Q1 | 2022 | A Polysaccharide Biosynthesis Locus in Vibrio parahaemolyticus Important for Biofilm Formation Has Homologs Widely Distributed in Aquatic Bacteria Mainly from Gammaproteobacteria |
气单胞菌 | LWT-FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY | 6.0/Q1 | 2022 | Antibiotic resistance and polymyxin B resistance mechanism of Aeromonas spp. isolated from yellow catfish, hybrid snakeheads and associated water from intensive fish farms in Southern China |
索氏鲸杆菌 | Microbiome | 13.8/Q1 | 2023 | Vitamin B12 produced by Cetobacterium somerae improves host resistance against pathogen infection through strengthening the interactions within gut microbiota |
假单胞菌 | Nature communications | 14.7/Q1 | 2023 | The natural pyrazolotriazine pseudoiodinine from Pseudomonas mosselii 923 inhibits plant bacterial and fungal pathogens |
沙门氏菌 | Science of the Total Environment | 8.2/Q1 | 2023 | 1A multiple PAHs-degrading Shinella sp. strain and its potential bioremediation in wastewater |
大肠杆菌 | Science of the Total Environment | 8.2/Q1 | 2023 | One global disseminated 193 kb high-risk hybrid plasmid harboring tet(X4), mcr or blaNDM threatening public health |
噬蓝假单胞菌 | Environmental Microbiome | 6.2/Q1 | 2023 | Phylogenomics of fve Pseudanabaena cyanophages and evolutionary traces of horizontal gene transfer |
乳杆菌属 | LWT-FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY | 6.0/Q1 | 2024 | Whole genome sequencing and analysis of probiotic characteristics for Lactiplantibacillus plantarum EL2 isolated from yak yogurt |
