2024-07-12
上两次（【干货】如何使用cytoscape玩转网络图？（一）；【干货】如何使用cytoscape玩转网络图？（二））带大家了解在cytoscape上PPI网络的绘制、参数的调整、以及MCODE、cytoHubba、iRegulon插件的使用。 由于软件的更新，插件获取方法有了改变。今天小派再给大家来介绍插件的获取以及其它几个网络图的绘制，助大家都能够玩转cytoscape。 七、插件获取 cytoscape软件更新后（3_10后面版本）Apps里的App Manager...替换为了App Store。在App Store里可以方便的查看已安装的插件，以及对插件进行更新，但新插件的获取，需要链接到网站（App网站：https://apps.cytoscape.org/）下载安装。备注：网站可能需要科学上网才可以下载app。 cytoscape软件旧版（3_9_1）、新版（3_10_2）、java（jie）以及之前软文提到的MCODE、cytoHubba、iRegulon插件获取如下： 网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1Jf-OgrzaCulGlA04PO-Ngg?pwd=3ub5 提取码：3ub5 cytoscape官网下载：https://cytoscape.org/ java官网下载：https://www.java.com/zh-CN/ 从App网站下载需要的插件后，通过cytoscape软件的Apps → App Store → Install Apps Form File安装即可。 八、通路网络图 做完组学分析后，可以得到比较组的富集结果，在富集结果中可能有些通路会是我们关注的重点，除了用热图展示通路里差异（基因/蛋白/代谢物）的表达情况，还可以使用通路网络图来展示差异的归属情况。 以下示例以转录组为参考，其它组学同理： 1、首先基于富集结果选择trem/通路（可以是显著性top的，也可以是自己关注的），此次以显著性top5通路为例； 2、选择需要绘制的通路和基因，整理成网络文件和属性文件（网络文件为通路和基因的对应关系，网络图里也可以加上作用对的描述；属性文件为node节点的描述信息），步骤参考下图； 3、打开cytoscape，导入网络和属性文件，然后对网络进行调整； 4、在style和Layout里调整网络（节点性状大小按照通路和基因设置，改变字体大小等）后，可以导出图片。 备注：代谢物/蛋白-通路、基因-通路-代谢物、代谢-基因-通路+PPI等网络都可以如此绘制。
九、相关性网络图 做完组学后，我们会得到基因/蛋白/代谢物的表达量数据，在单个组学中我们能够筛到差异的结果，进一步我们可以进行关联分析。通过相关性分析，可以得到差异基因/蛋白/代谢物之间的关联性，或者得到其和表型指标的关联性，随后根据关联情况构建相关性网络。 以下示例以转录和代谢为例： 1、在我们这里做完联合分析后，在04文件夹里会得到基因和代谢物的相关性矩阵1（Cor），以及相关性系数在0.8以上的矩阵（mRNA_mete_diffrence_log2_dotplot）。由于差异分组中基因和代谢物的相关性较多，因此在标准分析中网络图我们选取相关性结果前100个关系对进行作图。有些时候老师关注的代谢物或基因不在网络图中，这样的话，我们可以基因这个矩阵2筛选我们关注的基因和代谢物，再绘制相关性网络图； 备注：其它组学也一样，需要得到相关性矩阵后，绘制网络图。相关性矩阵可以用一些在线小工具或R的cor()函数等得到，一般输入文件为2个表达矩阵（基因/蛋白/代谢物在样品里的表达矩阵，表型在样品里的数值矩阵，且样品需要一一对应）。 2、在筛选的时候，可以先整理个关注的基因和代谢物的列表，用excel的vlookup函数筛选，保留基因列和代谢物列都是关注的作用对，将基因和代谢物列分别作为node1和node2，cor和p值可以作为网络的筛选文件，另存为制表符分隔的txt作为网络文件，然后对基因和代谢物整理属性文件； 备注：基因ID如果需要用基因名字替换的话，也可以用vlookup查找替换。vlookup使用可以参考：https://mp.weixin.qq.com/s/KxxtA9rR1P_mV3Q6-aslEQ 3、打开cytoscape，导入网络和属性文件，然后可以在style和Layout里对网络进行调整（根据属性区分节点，根据相关性系数展示连线的颜色等），完成后可以导出图片。
十、RNA调控网络图 在生物体内除了作为遗传信息传递的mRNA外，还有多种不同类型的RNA（lncRNA、miRNA等）参与复杂的基因表达调控网络。为了更全面的获得不同处理下，生物体内的RNA表达情况，我们可以通过全转录组测序、mRNA+miRNA测序、lncRNA+miRNA测序等技术，同时获得样品里多种不同RNA的表达及差异情况。根据不同RNA之间的靶向关系，我们可以进一步构建差异RNA调控网络。 以下示例以lncRNA+miRNA测序为例： 1、在lncRNA测序结果中有lncRNA和miRNA互作分析（结果为：report→result→LncRNA→6_miRNA_LncRNA→mirna_target表），在miRNA测序结果中有miRNA的靶基因分析（结果为：report→result→miRNA→4_miRNA_target→miRNA_target.txt压缩包里的表）； 2、然后在两个表中可以通过vlookup将比较组的差异结果查找过来，然后将差异的作用对拿出来构建网络文件，以及可以将这些RNA的类别和上下调作为属性文件； 备注：可以筛选mi-lnc和mi-m里共有差异miRNA的互作对；可以将lnc和m的靶向也加进去；还可以筛选关注的RNA的作用对等。 3、打开cytoscape，导入网络和属性文件，然后可以在style和Layout里对网络进行调整，完成后可以导出图片。
小派用了三期来介绍cytoscape，希望大家都能有所收获哈！！
