2024-07-22
时光流转，年复一年。 小派在高通量测序知识与经验的海洋中茁壮成长的同时，更是积累了满满的数据分析与挖掘的笔记与干货。继上次给大家分享微生物的重磅干货之后（微生物组从研究思路到实践应用的全方位攻略），今天，小派与您再度扬帆起航，开启一段转录组学之旅。 （点击蓝色标题即可跳转软文，云平台视频需要复制链接到浏览器打开哦)
一、实验前的准备：明确目标，整理行囊
当您申请到一个转录组课题，或者分配了转录组的研究任务时，首要之举就是确认实验设计，明确想要达成的结果。也就是整理行囊，确认好旅行的大致目的地。但您是否还苦恼于什么是转录组？怎么去研究转录组？转录组的实验该如何设计吗？小派在转录组迷雾中为您铺设了清晰的路径指引，一起来看看吧！
1、首先小派给您准备好了各式各样的研究思路与研究领域，总有一种能满足您需求。
①2022年派森诺转录调控文章大盘点 ②2023转录调控项目文章大荟萃
③全转录组思路解析
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/f077b8ff58904adbb0bd88d66c09f2ba
④CircRNA 在医学研究中的应用
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/8ff1a5a82a134868b51333ede45343c0
⑤转录组+代谢组在植物发育中的应用和案例解读
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/2b0f3666ee9e4cadab441317af295b98
⑥转录组多组学联合分析思路解读
转录组多组学联合分析思路解读1
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/a484a8be558d445b8b6541cf788840ae
转录组多组学联合分析思路解读2
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/251d7b49a5454426bc46e90f7a5b16df
转录组多组学联合分析思路解读3
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/single/44414acc94cf4b589c565a9b0561e13b
2、研究的物种是否有参考基因组是做转录组测序之前首先要确认的一个问题，这决定了我们是做有参转录组测序还是无参转录组测序。不同的项目对应的分析方法不同，接下来在这两篇文章里给大家详细的介绍了如何在一些主流数据库（Ensembl数据库、NCBI数据库）和特殊物种的数据库（UCSC数据库、JGI基因组数据库、柑橘类基因组数据库、 蔷薇科基因组数据库等）找参考基因组。
如何确定物种是否有参考基因组（一） 如何确定物种是否有参考基因组（二）
3、待确定好自己的项目是做有参转录组还是无参转录组之后就可以准备样品送检测序了。测序又涉及一个新的问题，我是建链特异性文库还是非链特异性文库呢？两者有何区别呢？下面的文章也许能解决您的烦恼。
4、质检是转录组测序的一个关键环节，质检结果的好坏直接影响着测序质量的高低。而质检报告最难读懂的部分莫过于胶图和峰图，RNA提取是否合格？样本有无污染？在质检报告中一般都会体现。
二、数据挖掘阶段：享受探索之旅
1、在满怀欣喜的拿到转录组测试结题报告时，有很多初接触的小伙伴会产生满脑子的问号？这是什么？我应该怎么看？这么多数据哪个才是重点？以下软文以及报告解读视频将带您了解转录组测序结果，解决您以上的疑问。
真核有参转录组云分析解读
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/3073962528a071ef80055017e1e90102
原核转录组云分析解读
https://www.genescloud.cn/cloudClassroom/video/subject/b050ddc6384071ef80164531959d0102
2、转录组测序是出图的利器，写文章的话也会涉及很多图片和分析，这些图片都有什么含义呢？又该如何使用介绍呢？可以参考下面这篇文章的详细说明。
图说转录组——啥也别说，你要的都在图里了！ 【干货】3分钟看懂GSEA结果！
3、表达量标准化、相关性和PCA分析、差异分析、火山图、热图、趋势分析、韦恩图、富集分析、蛋白互作网络分析。以上的常见图片是否也想自己绘制呢？手把手教学让您秒变分析小能手！！！
干货分享 | 0生信基础转录组分析大全 【干货】转录组韦恩图“食用”指南
4、到底选择Basemean还是FPKM？差异分析，是做转录组测序永远也绕不开的一个话题，而差异分析中用于比较的两个数值Basemean和FPKM同样也是大家比较容易混淆的概念。下面两篇文章从计算方法演示以及概念解读方面来介绍了他们两者的区别，还没弄明白的小伙伴可以猛戳下文学习。
震惊！小伙竟用Excel做差异分析！ 还想用FPKM做差异分析？快醒醒！
5、看懂结果是解读数据的开始，而如何把结果和最终的课题相关联才是我们的最终目的，且看这篇文章是如何挖掘关键基因的。
6、在挖掘分析的过程中，会发现每个分析版块的注释内容都有些许差异，那么怎么才能把它们对应的表达量、差异结果和注释信息等放到一张表里呢？其实只需要EXCEL表里的一个小小函数（VLOOKUP），就可以轻轻松松帮您把所有的信息整合到一起了。
7、找到关键基因，想看其具体转录本的表达情况以及mapping可视化？IGV助手来帮您。只需导入参考基因组文件以及bam文件，即可对转录组的比对结果进行可视化浏览！
8、如果提名哪种作图方式同时兼顾直观、美观、应用范围广，网络图必须是优质种子选手！无论是蛋白互作分析，或是相关性分析，还是不同组学的关联分析，网络图都随处可见且举足轻重。
但是为什么同样是网络图，别人做出来的超凡脱俗，我做出来就丑陋无比？？今天小派就以转录组结果中蛋白网络互作分析（PPI）结果为例，带你3分钟快速上手网络图绘制，变身网络图届米勒。
【干货】如何使用cytoscape玩转网络图？（一） 【干货】如何使用cytoscape玩转网络图？（二） 【干货】如何使用cytoscape玩转网络图？（三）
9、我们常规拿到的分析结果都是标准分析，有时候不能得到符合我们研究目的的结果，这时候就需要我们进行进一步的分析和筛选。转录组云分析是深受大家喜爱的一个产品，在该平台我们可以随心所欲的按照需求对样本进行调整分析，只需“一键”。
10、通过转录组分析结果和自身专业知识的结合，终于挖出了自己想要的基因集，又想对筛出的基因集做一些表达丰度展示或者功能分析该怎么办呢？不用着急，派森诺云图汇为大家提供了轻松处理基因集的一站式平台。
温馨提示：图片只是数据的一种展示形式，图片的具体意义是由输入数据的性质所决定的，所以云图汇有些小工具一样也适用于其他组学（比如蛋白代谢）。
三、结果验证与数据上传：组学之旅收尾
1、分析挖掘完数据，找到了自己关注的hub基因，下一步大多就是要做qPCR验证。那么问题就来了，有参、无参、CircRNA、LncRNA...？这么多类型我该如何找到它们的验证序列呢？下方文章详细讲解了转录组各个项目的序列查找方法，欢迎有需求的小伙伴点击查阅。
2、qPCR验证完了，但是结果总是与预期不太符合，验证不上就很让人苦恼了。这篇文章就为大家详细的分析了出现验证不上的几种原因，可以针对这些原因来进行排查纠正。
3、如果想发高分文章，除了qPCR之外，还需要从多个角度对实验结果进行验证。对于转录组测序后的其他验证方法，这篇文章也给出了详细的答案。
4、数据分析和文章撰写都完成了，接下来就是满满的收获季了。但是不要忘了转录组在文章发表前大多都需要上传数据到相关的数据库。在此小派也为大家带来了数据上传教程，真的是超贴心超详细的保姆级教程，不怕大家学不会，需要的老师可以点击下方速速学习~
【干货】转录组原始数据上传SRA，保姆级超详细上传手册！一看就会！
希望这些干货满满的教程和秘籍助您在转录组学的世界里游刃有余。让我们继续前行，在转录组学的广阔天地中探索更多的未知，创造更多的可能。探索之旅，永远在路上！
