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科研干货 | 细菌基因组数据NCBI上传教程2.0

2024-10-29

细菌基因组数据NCBI上传教程2.0-(1).jpg

号外~号外~细菌基因组数据NCBI上传教程更新啦！

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上传教程千千万，不如小派这一篇！

单样本、多样本基因组数据上传全部轻松拿捏~

咱们废话不多说，直接上超详细干货


基本流程

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一、NCBI注册及上传

1、注册网站：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners

打开NCBI注册网站，选择第三方平台进行注册登录

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2、进入提交页面

打开NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，输入账号和密码，点击网页上的Submit栏可进入GenBank界面，找到细菌基因组提交栏，点击进入即可开始本次的提交（或直接点击https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/进入提交界面）。

具体步骤如下：

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3、点击New submission进入，此步操作可以得到SUB号；

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Part 01、单样本基因组上传

二、基本信息填写

1、单个样本基因组上传——选择Single genome，点击continue；

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2、进入SUBMITTER完善个人信息，带*为必填项，填写完点击continue。此处的邮箱不建议使用qq邮箱、163邮箱和foxmail邮箱；

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3、General Information信息填写（此处以未申请BioProject和BioSample号为例，如果已经申请过可以直接将对应的BioProject和BioSample号直接填写即可）：

（1）BioProject和BioSample处选择NO，释放数据日期可根据自己的需要来进行选择；

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（2）组装和测序信息填写（组装软件及版本可在结题报告附录-软件列表查看）：

细菌框架图项目的组装软件：spades，版本v3.15.4

细菌完成图项目的组装软件：Fyle，版本v2.9.1-b1781；Unicycler，版本 v0.5.0；

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（3）测序深度及测序平台的选择:

测序深度=测序数据量/基因组大小（可在结题报告-二代测序数据过滤部分查看）；

测序平台：二代一般为Illumina Novaseq平台，三代一般为Pacbio/Nanopore平台（可在结题报告-文库信息部分查看）；

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（4）填写基因组的组装信息以及是否有关联的文章，填写完成后点击Continue进入下一步；

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三、BioProject信息填写


菌株英文描述（大概100个左右word ）：描述下该菌株进行全基因组测序的目的、意义及用途（工业/农业/医疗等等）等信息(共性\不同)，填写完成后点击Continue进入下一步；

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四、BioSample信息填写


1.选择Microbe，点击Continue进入下一步；

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2.BioSample Attributes:填写物种拉丁名称及菌株名；菌株的来源，保存单位（xxx单位分离及分离信息 xxx单位保存或 xxx保藏中心保存）和样本收集时间；

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3.source：是否需要NCBI注释——选择Yes；

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五、Sequence上传，信息填写


1.Files：细菌完成图如果只组装出一条染色体，没有质粒可选择选项1；细菌框架图组装出多条scaffold或细菌完成图组装出了多条完整的染色体/质粒可选择选项2；

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2.选择网页版上传，并将基因组中的染色体和质粒的fasta文件全部上传（细菌完成图上传Assembly文件夹*.fasta文件，细菌框架图上传Assembly文件夹*.scaffolds.fna文件），上传后点击Continue进入下一步；

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3.Assignment：需要确认组装得到的染色体有几条、是否含有质粒，染色体和质粒是否为完整的环状的，以及Sequence ID需要与fasta文件中>后名字一致。在提交质粒信息的时候，质粒的命名为以“P”开头的名字或者命名为unnamed、unnamed1......

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4.填写作者名字及排序，以及该基因组是否有相关联的文章，点击Continue进入下一步；

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六、数据提交


核查已填入的信息是否有误，有问题的话返回对应的界面进行修改，确认无误后点击Submit完成本次NCBI上传。一般上传一个星期内NCBI会发邮件到邮箱，给出相应的登录号，这个登录号可直接用于后续的文章中。

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Part 02、多样本基因组上传(针对于细菌框架图样本)


1、多个样本基因组上传——选择Batch/multiple genomes，点击continue；

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2、Gap信息填写

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3、BioProject General Info

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4、Publications

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5、Biosample Type

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6、Attributes

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7、Genome Info

(1)填写基因组信息

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（2）组装和测序信息填写（组装软件及版本可在结题报告附录-软件列表查看）

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8、Files：选择网页版上传，并将基因组中的fasta文件全部上传（细菌完成图上传Assembly文件夹*.fasta文件，细菌框架图上传Assembly文件夹*.scaffolds.fna文件），上传后点击Continue进入下一步；

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9、References：填写作者名字及排序，以及该基因组是否有相关联的文章，点击Continue进入下一步；

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核查已填入的信息是否有误，有问题的话返回对应的界面进行修改，确认无误后点击Submit完成本次NCBI上传。一般上传一个星期内NCBI会发邮件到邮箱，给出相应的登录号，这个登录号可直接用于后续的文章中。

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以上就是细菌基因组上传至NCBI的详细步骤，是不是已经学会了？赶快用自己的数据来试试吧！如果大家在上传过程中有任何疑问，欢迎随时和我们一起探讨，可在文末留言或者邮件交流（microsupport@personalbio.cn）。