2024-11-11
又见面啦，本期小编继续分享NCBI上传的相关教程哦，上周小编更新了细菌基因组上传NCBI的流程，本期小编将分享真菌基因组上传NCBI的最新版流程，绝对简单易懂，操作方便，一起动手学起来吧~
基本流程
一、NCBI注册及上传
1、注册网站：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners
打开NCBI注册网站，选择第三方平台进行注册登录
2、进入提交页面
打开NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，输入账号和密码，点击网页上的Submit栏可进入GenBank界面，找到真菌基因组提交栏，点击进入即可开始本次的提交（或直接点击https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/进入提交界面）。
具体步骤如下：
3、点击New submission进入，此步操作可以得到SUB号；
Part 01——单样本基因组上传
二、基本信息填写
1、单个样本基因组上传——选择Single genome，点击continue；
2、进入SUBMITTER完善个人信息，带*为必填项，填写完点击continue。此处的邮箱不建议使用qq邮箱、163邮箱和foxmail邮箱；
3、General Information信息填写（此处以未申请BioProject和BioSample号为例，如果已经申请过可以直接将对应的BioProject和BioSample号直接填写即可）：
（1）BioProject和BioSample处选择NO，释放数据日期可根据自己的需要来进行选择；
（2）组装和测序信息填写（组装软件及版本可在结题报告附录-软件列表查看）：
真菌框架图项目的组装软件：spades，版本v3.12.0
真菌近完成图项目的组装软件：flye，版本v2.9.1；hifiasm，版本v0.18.5
（3）测序深度及测序平台的选择:
测序深度=测序数据量/基因组大小；
测序平台：二代一般为Illumina Novaseq平台，三代一般为Pacbio/Nanopore平台（可在结题报告-测序概述部分查看）；
（4）填写基因组的组装信息以及是否有关联的文章，填写完成后点击Continue进入下一步；
三、BioProject信息填写
菌株英文描述（大概100个左右word ）：描述下该菌株进行全基因组测序的目的、意义及用途（工业/农业/医疗等等）等信息(共性\不同)，填写完成后点击Continue进入下一步；
四、BioSample信息填写
1.选择Microbe，点击Continue进入下一步；
2.BioSample Attributes:填写物种拉丁名称及菌株名；菌株的来源，保存单位（xxx单位分离及分离信息 xxx单位保存或 xxx保藏中心保存）和样本收集时间；
五、Sequence上传，信息填写
1.Files填写
（1）真菌框架图和近完成图组装的都不是完整的基因组，选择选项2；
（2）选择网页版上传，并将基因组的scaffold序列全部上传，如果真菌框架图项目N数较多的话可以选择上传contig序列，基因组序列上传Assembly\AssemblyResult\*.scaffolds.fna 文件；
（3）AGP文件上传：该文件在组装结果文件夹中；
2.填写作者名字及排序，以及该基因组是否有相关联的文章，填写结束后，点击Continue进入下一步；
六、数据提交
核查已填入的信息是否有误，有问题的话返回对应的界面进行修改，确认无误后点击Submit完成本次NCBI上传。一般上传1-2周NCBI会发邮件到邮箱，给出相应的登录号，这个登录号可直接用于后续的文章中。
Part 02——多样本基因组上传
1.多个样本基因组上传——选择Batch/multiple genomes，点击continue；
2.个人信息及General Information信息填写
此部分内容参照Part 01，需要申请BioProject和BioSample号，后续信息填写会用到
3.Gap信息填写
4.BioProject General Info
5.Publications
6.Genome Info
(1)填写基因组信息
（2）组装和测序信息填写（组装软件及版本可在结题报告附录-软件列表查看）
7.选择网页版上传，并将基因组的scaffold序列全部上传，如果真菌框架图项目N数较多的话可以选择上传contig序列，基因组序列上传Assembly\AssemblyResult\*.scaffolds.fna 文件；
8.References：填写作者名字及排序，以及该基因组是否有相关联的文章，点击Continue进入下一步；
核查已填入的信息是否有误，有问题的话返回对应的界面进行修改，确认无误后点击Submit完成本次NCBI上传。一般上传1-2周NCBI会发邮件到邮箱，给出相应的登录号，这个登录号可直接用于后续的文章中。
以上就是真菌基因组数据上传NCBI的详细步骤，是不是很简单？研究真菌基因组的小伙伴们赶快动起你的手指，跟随小编的步骤练习一下吧！如果大家在上传过程中有任何疑问，欢迎随时和我们一起探讨，可在文末留言或者邮件交流（microsupport@personalbio.cn）。
