2025-01-13
拿到转录组的数据，辛辛苦苦数据挖掘后，该如何获取目的基因的CDS信息去做qPCR验证呢？今天小派就以项目为例，给大家介绍如何快速获取参考基因组CDS信息。
章节目录
1、转录组项目参考基因组信息获取
2、NCBI来源基因组CDS信息获取
3、ensembl来源基因组CDS信息获取方式
4、近期转录组项目CDS信息获取
一.转录组项目参考基因组信息获取
在接收到我们的项目分析结果后，根据不同项目类型，分析结果分别在线上（云平台）和线下进行释放。云平台和线下（网页版报告或PDF版report）获取基因组信息如下：
云平台参考基因组信息获取：
线下报告参考基因组信息获取:
二．NCBI来源基因组CDS信息获取方式
1.在获取参考基因组信息后，可以直接复制该网址在浏览器中打开。
2.例如NCBI来源的基因组打开对应链接后直接点击下载“cds from genomic.fna”。
3.解压后，用Visual Studio Code或是 Editseq等软件打开序列文件（实在没有对应软件，浏览器也可以打开），根据gene ID进行检索，即可获取基因对应的CDS信息。
4.此外如果基因组链接不是链接上图页面，也可以在NCBI直接检索GCF号/GCA号后，点击FTP进入页面。
三.Ensembl来源基因组CDS信息获取方式
1.参考基因组是ensembl数据库来源，我们同样只需复制该网址在浏览器中打开。
2.打开链接后删除dna返回上一级，点击进入cds文件夹下载CDS序列即可。
3.后续同上述NCBI来源基因组一样，打开序列文件后，根据gene ID检索基因获取信息。
此外，ensembl数据库可以直接根据gene ID检索获取CDS信息，如图所示，可以直接在ensembl网址检索框检索gene ID（注意gene ID信息是唯一的，不建议用gene name检索），然后点击Sequence后，接着选择Download sequence，除了可以下载CDS外，转录本cDNA，3’UTR，5’UTR等信息也是可供下载的。
四.近期转录组项目快速获取CDS
12月交付的转录组项目中，线下文件除了交付Rawdata，Map文件夹外等信息，我们也直接整理了基因组CDS信息放在了annotation文件夹下（原核转录组我们额外提供了基因组序列信息fasta以及基因结构注释信息gff）。
此外咱们云平台近期项目在云平台也可以直接查看CDS啦，老师们只需在云平台下载“Result.tar.gz”，解压后里面的annotaion文件夹下是整理好的CDS，妈妈再也不用担心我找不到了。
最后，如果大家对qPCR该如何挑选基因有选择困难症，可以看看我们往期“RNA-seq与qPCR，你不得不知道的那些事！！！”(点击查看)
