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派森诺表观调控领域六大核心产品详解

2025-02-12

表观遗传调控是生命科学研究的核心领域之一,它通过DNA甲基化、RNA修饰、染色质开放性和蛋白-DNA互作等机制,在不改变DNA序列的前提下调控基因表达。随着高通量测序技术的发展,表观调控研究已进入精准化时代。今天小编将为您介绍派森诺六大核心表观调控测序产品(图 1),助您解锁基因表达的神秘调控网络。

图 1 派森诺表观调控产品

1. WGBS(全基因组甲基化测序)

英文全称:Whole Genome Bisulfite Sequencing

测序内容:全基因组范围内单碱基分辨率的DNA甲基化水平检测(5mC)。

测序原理:利用重亚硫酸盐处理DNA,将未甲基化的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),而甲基化C保持不变。通过高通量测序比对,精准定位甲基化位点。

技术流程

1、DNA提取与重亚硫酸盐转化

2、全基因组文库构建

3、高通量测序(PE150)

4、生物信息学分析(甲基化水平计算、差异区域筛选)

2. MeRIP-seq(甲基化RNA免疫共沉淀测序)

英文全称:Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing

测序内容:全转录组水平的RNA甲基化(m6A)修饰位点鉴定。

测序原理:通过特异性抗体富集甲基化修饰的RNA片段,结合测序分析修饰位点分布。

技术流程:

1、RNA片段化与抗m6A抗体孵育

2、免疫沉淀富集甲基化RNA

3、建库测序与修饰峰识别

4、功能注释(motif分析、基因关联)

3. ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)

英文全称:Chromatin Immunoprecipitation Sequencing

测序内容:特定蛋白(如组蛋白修饰、转录因子)在基因组上的结合位点。

测序原理:通过抗体捕获与DNA结合的靶蛋白复合物,释放并测序结合区域的DNA。

技术流程:

1、甲醛交联固定蛋白-DNA复合物

2、染色质剪切与抗体免疫沉淀

3、DNA纯化与文库构建

4、测序及peak calling分析

4. CUT&Tag(靶向切割与标签化测序)

英文全称:Cleavage Under Targets and Tagmentation

测序内容:高效检测染色质结合蛋白或组蛋白修饰的精确位点。

测序原理:在细胞内直接完成抗体识别靶蛋白、Tn5转座酶靶向切割并插入测序接头,大幅提高信噪比。

技术流程:

1、细胞透化与靶标抗体孵育

2、Protein A-Tn5转座酶复合物结合

3、靶向染色质切割与标签插入

4、片段释放、PCR扩增与测序

优势:分辨率高、样本量少(低至5000个细胞)、背景噪音低。

5. RIP-seq(RNA结合蛋白免疫沉淀测序)

英文全称:RNA Immunoprecipitation Sequencing

测序内容:鉴定与特定RNA结合蛋白(RBP)相互作用的RNA分子。

测序原理:利用抗体富集RBP-RNA复合物,解析RNA结合图谱。

技术流程

1、细胞裂解与RBP-RNA复合物提取

2、抗体免疫沉淀靶蛋白及结合RNA

3、RNA纯化与文库构建

4、测序与结合靶点分析

6. ATAC-seq(染色质可及性测序)

英文全称:Assay for Transposase-Accessible Chromatin using Sequencing

测序内容:全基因组染色质开放区域(调控元件如启动子、增强子)。

测序原理:利用Tn5转座酶优先切割开放染色质区域并插入测序接头。

技术流程:

1、细胞核提取与Tn5转座酶处理

2、文库扩增与测序

3、开放区域peak分析

4、转录因子结合motif预测

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