2025-03-25
Highlights
1.泛转录组是什么？为什么要做？高分案例的实验设计有哪些？本文带您一网打尽！
2.泛转录组可以解析基因表达模式的群体差异，挖掘可变剪切、融合基因等复杂转录事件，揭示环境适应或性状形成的动态分子机制。
3.派森诺特别推出开学季限时活动，泛转录组只分析8折优惠，结合2+3代全长转录组，助力解析生命全景式动态图谱。
简 介
泛转录组（Pan-Transcriptome）是指通过整合同一物种多个组织、品种或环境条件下的转录组数据，构建覆盖物种遗传多样性的全转录本表达图谱。全面解析物种基因型特异的转录调控网络，为基因功能解析、环境适应性研究和精准育种提供重要的数据资源。
应 用
1.解析基因表达模式的群体差异
2.挖掘可变剪切、融合基因等复杂转录事件
3.揭示环境适应或性状形成的动态分子机制
泛转录组常见实验设计
泛转录组需求分析
1.突破传统转录组局限
问题：单一参考基因组无法覆盖群体多样性
解决：泛转录组整合多样本数据，捕获稀有转录本和个体特异性表达
2.精准医学与个性化治疗
需求：解析患者特异性转录变异（如RNA剪接异常），指导靶向治疗
案例：肺癌中EGFR基因不同剪接体对药物的响应差异
3.复杂性状遗传基础解析
需求：关联转录本多样性与表型变异
应用：作物产量相关可变剪接事件的挖掘
4.动态调控网络构建
需求：研究转录本在不同发育阶段、环境条件下的动态变化
案例：植物开花过程中长链非编码RNA的时序表达模式
泛转录组高频分析
1.SMRT测序及数据分析
2.全长转录本的去冗余和表征
3.lncRNA的鉴定与ORF的预测
4.泛转录组构建及AS分析
5.定量相对表达分析
6.共表达网络分析及hub基因鉴定
经典高分案例
1、泛转录组揭示作物冷胁迫响应调控新机制
Pan-transcriptomic analysis reveals alternative splicing control of cold tolerance in rice
发表期刊：The Plant Cell
影响因子：10
通讯单位：广西大学
基于11种籼粳稻材料在冷胁迫下的转录组数据（Iso-Seq和RNA-Seq）构建了水稻泛转录组，表征不同水稻品种的冷响应转录调控景观，发现籼稻和粳稻的转录组在冷处理后期表现出明显的差异。进一步利用水稻冷胁迫泛转录组数据，构建了冷胁迫下水稻基因的共表达网络，确认了OsCATC和Os03g0701200两个基因可作为增强水稻耐寒性工程改良的新候选基因，同时发现低温触发了水稻大规模AS事件响应，AS是水稻应对冷胁迫的重要调控机制。
2、泛转录组解析大麦基因型特异的转录调控网络
A barley pan-transcriptome reveals layers of genotype-dependent transcriptional complexity
发表期刊：Nature Genetics
影响因子：31.8
通讯单位：詹姆斯·赫顿研究所
大麦是全球重要的粮食作物和饲料来源，具有广泛的适应性和遗传多样性。深入理解大麦的转录调控机制，对于解析其环境适应性和改良农艺性状具有重要意义。该研究揭示了大麦基因型依赖性转录复杂性的多层调控机制。该研究构建了包含20个代表性大麦品种的泛转录组，并结合多种生物信息学分析方法，揭示了基因组变异、RNA可变剪切、拷贝数变异等因素对转录调控的影响，为大麦遗传改良和精准育种提供了新的见解。
大麦是全球重要的粮食作物和饲料来源，具有广泛的适应性和遗传多样性。该研究揭示大麦基因型依赖性转录复杂性的多层调控机制，构建包含20个代表性大麦品种的泛转录组，揭示了RNA可变剪切、拷贝数变异等因素对转录调控的影响，为大麦遗传改良与育种提供新的见解。
