2025-03-29
目录
1.IGV软件安装和基本界面
2.转录组reads覆盖查看
3 表观组学peak峰图查看
1、IGV软件安装和基本界面
IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的可视化工具，安装简单，操作便捷，支持多种格式的转录组、表观组等数据的可视化分析！只需导入参考基因组文件以及bam/bw文件（IGV支持多种文件类型，这里我们主要以结果提供给老师的bam/bw文件为例），即可对转录组、表观组的比对结果进行可视化浏览！
IGV官网：https://igv.org/doc/desktop/
IGV下载：https://igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/
备注：IGV软件需要在安装java的前提下打开，因此可以直接下载Java included的版本。
也可以通过网盘下载：https://pan.baidu.com/s/1baZ9MF9wEVi4_eqhgl82zg?pwd=m5i7
基本界面：
重要菜单栏（File、Genome、Tools）：
File → Load from File → 加载文件（加载基因注释gtf/gff文件、样品bam/bw文件等）；
File → Save PNG/SVG Image → 导出PNG/SVG格式的图片；
Genome → Load Genome from File → 加载基因组文件；
Tools → Run igvtools → IGV生成索引的重要工具
选中Index工具，可以生成fasta文件的索引fai文件，可以生成bam文件的索引bai文件。
备注：部分原核的bam文件可能需要先选sort工具对bam文件进行排序，再对得到的sorted bam文件使用Index构建bai索引。
在Trace窗口可以右键呼出如下菜单栏，进行调整（修改颜色、数据范围等）。
在基因组注释窗口可以右键呼出如下菜单栏，选择基因展示形式（可以展开多条转录本）。
2、转录组reads覆盖查看
a.文件准备
参考基因组的序列文件和结构注释gtf/gff文件、样品对应的bam/bw文件。
参考基因组的序列文件和结构注释gtf/gff文件：在参考基因组链接（报告参考基因组章节有对应基因组链接）里进入下载。备注：如果是人和小鼠的基因组的话，由于结构注释文件太大，建议下载对应染色体的gff文件查看。
如果分组表填写的参考基因组为链接1（人）、3（小鼠）、5（大鼠）、11（绵羊）、99（水稻）的话，可以在网盘下载对应的序列和注释文件：https://pan.baidu.com/s/1COrNvnK35f3X9ZKPtItOag?pwd=ahrf
如果是原核的项目，参考基因组的序列文件和结构注释gtf/gff文件在原始数据annotation文件夹（云）或report→result→Ref_Genome文件夹（线下）获取。
b.导入IGV
点击 Genomes → Load Genome From File 导入基因组序列文件；点击 File → Load from File 导入基因注释gtf/gff和bam/bw文件。
导入成功后如下。可以在bw文件里看到reads覆盖情况，在bam文件中查看reads覆盖、剪切情况、突变情况：
Junctions里可以通过右键 → Sashimi Plot 来实现可变剪切可视化；
放大到一定程度可以查看到序列信息，同时也可以查看发生的插入或突变的具体情况：每个碱基拥有特定的颜色，可以看出从颜色和碱基上看到突变情况；插入的碱基用 Ⅰ 表示，缺失用 - 表示。
3、表观组学peak峰图查看
a.文件准备
参考基因组的序列文件和结构注释gtf/gff文件、样品对应的bw文件（在report→Result→03_MapQC→IGV里）。
参考基因组的序列文件和结构注释gtf/gff文件：在参考基因组链接（报告参考基因组章节有对应基因组链接）里进入下载。备注：如果是人和小鼠的基因组的话，由于结构注释文件太大，建议下载对应染色体的gff文件查看。
如果分组表填写的参考基因组为链接1（人）、3（小鼠）、5（大鼠）、11（绵羊）、99（水稻）的话，可以在网盘下载对应的序列和注释文件：https://pan.baidu.com/s/1COrNvnK35f3X9ZKPtItOag?pwd=ahrf
b.导入IGV
点击 Genomes → Load Genome From File 导入基因组序列文件；点击 File → Load from File 导入基因注释gtf/gff和bw文件。
导入成功后如下。可以在bw文件里看到各个区域reads覆盖情况。
c.peak位置导入
因为peak位置在样品或合并结果中并不是如基因一样是固定的，因此我们可以将peak的位置导入到IGV中方便查看。
首先在样品peak/合并后的peak/比较组差异peak表里，筛选关注的peak（或所有的peak），整理4项数据到新的表里（染色体，peak起始位置，peak终止位置，标注信息；标注信息可以是peak的名称，也可以整合peak名称和loucus/nearest注释；该表不需要表头）。
然后将这4列信息复制到txt文件中，在文件夹查看的显示里打开文件扩展名，将txt文件修改后缀为bed文件。
然后在IGV软件中点击 File → Load from File 导入bed文件，通过查找位置，找到关注peak的区域。
