2025-04-09
您正在苦恼肿瘤组织等低微生物载量样本挖掘微生物信息检出困难吗？
您正在苦恼 FFPE等存在 DNA降解的样本 不容易扩增到微生物吗？
不必再苦恼！
5R 16S rRNA基因微生物多样性组成谱项目解决您的问题！
下面跟着小派一起看看5R 16S rRNA基因微生物多样性组成谱项目新品细节吧!
技术原理
5R 16S微生物多样性测序是通过对16S rRNA基因上的特定区域(V2、V3、V5、V6、V8)进行多重PCR扩增和测序，搭配Short MUltiple RegionsFramework (SMURF)算法[1]，实现对微生物物种的高覆盖率和高分辨率检测，尤其适合于低微生物载量和存在部分DNA降解的样品微生物检测[2]。
图1 细菌16SrRNA基因的图形表示及其保守(蓝色)和可变(黄色)区域[2]
图2 16S单区测序、双区测序、5R 16S测序覆盖率与分辨率对比[1]
技术特点
覆盖区域长
5R 16S测序可以覆盖16S rRNA基因的5个区域，约68%的16S全长序列。
分辨率高
5R 16S测序的分辨率可以到“种”水平。
灵敏度高
5R 16S测序可以适用于低微生物载量样本（如临床组织、血液等）的菌群检测。
样本宽容度高
5R 16S测序可以适用于降解样本（如FFPE样本）的菌群检测。
技术差异
表1 16SV3-V4测序与5R 16S测序技术差异
实测数据对比
我们对比了同一份小鼠肺组织样本分别用16S双区测序和5R 16S测序的物种组成结果。实测结果表明，丰度排名前6的物种结果显示，V3-V4结果中存在较多环境污染菌，5R检测能够更加全面的检测出小鼠肺组织中的微生物。
图 16S双区测序与5R 16S测序实测结果对比（左：16S V3-V4物种组成结果；右：5R 16S物种组成结果）
常见样本送样要求
参考文献
[1] Nejman D, Livyatan I, Fuks G, Gavert N, Zwang Y, Geller LT, Rotter-Maskowitz A, Weiser R, Mallel G, Gigi E, Meltser A, Douglas GM, Kamer I, Gopalakrishnan V, Dadosh T, Levin-Zaidman S, Avnet S, Atlan T, Cooper ZA, Arora R, Cogdill AP, Khan MAW, Ologun G, Bussi Y, Weinberger A, Lotan-Pompan M, Golani O, Perry G, Rokah M, Bahar-Shany K, Rozeman EA, Blank CU, Ronai A, Shaoul R, Amit A, Dorfman T, Kremer R, Cohen ZR, Harnof S, Siegal T, Yehuda-Shnaidman E, Gal-Yam EN, Shapira H, Baldini N, Langille MGI, Ben-Nun A, Kaufman B, Nissan A, Golan T, Dadiani M, Levanon K, Bar J, Yust-Katz S, Barshack I, Peeper DS, Raz DJ, Segal E, Wargo JA, Sandbank J, Shental N, Straussman R. The human tumor microbiome is composed of tumor type-specific intracellular bacteria. Science. 2020 May 29;368(6494):973-980. doi: 10.1126/science.aay9189. PMID: 32467386; PMCID: PMC7757858.
[2] Fuks G, Elgart M, Amir A, Zeisel A, Turnbaugh PJ, Soen Y, Shental N. Combining 16S rRNA gene variable regions enables high-resolution microbial community profiling. Microbiome. 2018 Jan 26;6(1):17. doi: 10.1186/s40168-017-0396-x. PMID: 29373999; PMCID: PMC5787238
