2025-04-22
前言
单细胞测序技术的飞速发展，为生命科学带来了前所未有的微观视角，让我们能够深入探究细胞的异质性。随着单细胞数据的海量涌现，自动化注释和云平台的应用就变得尤为重要，而派森诺基因云推出的全新单细胞测序数据云平台，以“全流程智能化、多模块覆盖、零代码操作”为核心优势，化繁为简，将复杂的生信流程简化成“一键式”操作，助力用户更加高效地处理和解读海量的单细胞数据。本文将聚焦平台三大核心功能——自动化注释修正、细胞重命名和细胞层级映射，解析细胞的异质性并精准标注每个细胞的“身份”。
第一模块、自动化注释修正
在单细胞测序分析过程中，细胞注释一直都是难点和痛点。派森诺单细胞测序数据云平台，会根据预先定义的参考数据集和细胞命名的规则，给用户提供完善的自动化注释的结果。
①在质控和数据集上传分析后，用户可以打开细胞注释模块，在页面中选择上传分析的数据集，点击更新后就能一键导入该数据集机械分群的结果。这里可以看到数据集机械分群的cluster数和各种形式的图（UMAP图，Tsne和Barplot），各类型的图片之间可以自行切换。
②右侧操作栏中的分析设置，选择cell type，并点击更新，并可一键导入该数据集的自动化注释的结果。
③同时，云平台会以用表格的形式展示细胞鉴定的结果，UMAP图往下拉，便能看到一个细胞鉴定的结果表，可以让用户更方便直接的看到哪个簇对应的是什么细胞类型，方便对细胞标签进行修改。
当然，有的用户会想要根据自己的marker基因结果确认并修改细胞的标签，那要怎么操作呢？
④如果用户需要修改标签，那么则需要回到细胞集分析模块，选择新建数据数据集，点击后会再选择细胞标签修改的模块。用户选择细胞类型注释，可以对每个clsuter进行细胞标签的修改。修改完成后点击创建数据集后，便可生成修改后新的标签结果，新结果可以在细胞注释模块查看。
第二模块、细胞重命名
当然，由于各用户的研究领域的不同，对细胞类型的理解和划分，也会有细微的差别。当用户想要自主定义细胞类型的名称时，派森诺基因云单细胞测序云平台也可以提供方便快捷的修改方式。
①在数据集分析模块，用户可以选择细胞标签修改栏中的细胞类型重命名，这里是可以对我们已经注释出来的细胞名称进行个性化的修改；
②自定义新的数据集名称，方便后面查看数据集的结果；
③对细胞名称进行重新的定义，比如B细胞中有少量的浆细胞，根据派森诺的命名规则，如果B细胞和浆细胞在同一个簇中，会将浆细胞优先归到B细胞中，后续再进行细分。但是有些用户就需要再大类上体现出浆细胞细胞的存在，那么就可以将BCells的标签重新命名成B_Plasma。
④细胞重命名完成后，点击创建数据集，此时就会生成新的数据集的注释结果。
第三模块、细胞层级映射
在单细胞分析过程中，用户经常会遇到大类细胞类型单一，或者用户想要在大类的UMAP图中展示出某个细胞细分的结果。那这个时候就需要我们将细分的结果映射到大类的UMAP图中，以达到用户的需求。
首先，如何对某种细胞类型进行细分注释，以T细胞细分为例。
①-②数据集分析模块，选择细胞分群与鉴定栏，细胞集名称可以命名为我们需要细分的细胞类型；
③选择我们需要细分的细胞类型，对其进行勾选，这里选择对T细胞进行勾选；
④选择去批次的方式，一般默认是用harmony去批次；
⑤分辨率可以根据细胞的数量进行调整，细胞的亚群细分，建议分辨率调整到0.3左右；
⑥-⑦最后还需要确认细胞注释等级为亚群注释，并且完成以上的操作后，可点击创建数据集，生成T细胞细分的数据集结果。
当T细胞细分的数据集成功生成后，用户想把T细胞细分的结果映射回大类中，那么需要如何操作呢？
①当T细胞的结果运行完成以后，并且细胞标签无需再进行修改后，用户需要再次回到数据集分析模块，选择细胞标签修改栏中的细胞亚群映射；
②再次创建新的数据集并对其命名，主细胞集选择需要展示映射亚群的细胞集名称，子细胞集选择我们需要映射的亚群细胞集。
③选择完成后，点击创建细胞集，再次运行结果。
当映射任务完成以后，用户可以继续在细胞注释模块，选择映射的数据集查看结果。
总 结
派森诺基因云单细胞测序云平台中的自动化注释修正、细胞重命名和细胞层级映射功能为用户提供强大的分析工具，能够快速准确地对细胞类型进行分类和注释。在实际的操作中，用户需要根据具体的研究需求和各自数据的特点，灵活运用这些工作，以获得准确细胞注释的结果。
