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空间转录组技术选型指南:五大平台全面解析

2025-08-18


一、技术演进:从全局图谱到单细胞精度

空间转录组技术(空转)已成为生命科学研究的"明星工具",能够在保留组织原位信息的同时解析基因表达空间异质性。目前主流平台包括10× Visium系列、10× Xenium 及华大Stereo-seq,各具技术特色与适用场景。

二、五大平台核心技术特点对比

三、关键技术突破解析

Visium V2 + Cytassist:FFPE样本的革命性解放

自动化转移技术:将普通玻片上的样本转录组自动转移到Visium芯片;

探针升级:90%基因设计三对探针,灵敏度提升10倍;

大视野支持:11×11mm²捕获区域覆盖完整病理结构。

Xenium:亚细胞精度的"显微CT"

可精准定位单分子RNA,尤其适合神经突触、肿瘤微环境等精细结构研究。

华大Stereo-seq:全景成像

厘米级视野(最大13cm×13cm)+500nm分辨率,兼顾宏观组织与细胞级精度,适用于胚胎发育、植物整体器官等大尺度研究。

四、如何选择平台?四大场景推荐

临床回顾性研究(FFPE样本)

首选10× Visium V2 Cytassist

支持石蜡包埋、染色切片,质检门槛低(DV200>30%)。

案例:人脑胶质瘤研究成功解析5年存档样本。

高分辨率需求(单细胞/亚细胞级)

选Xenium

适用场景:肿瘤异质性、神经元网络。

大组织块全景分析

选华大Stereo-seq

案例:小鼠胚胎发育图谱、植物光合作用空间模型。

五、未来趋势

华大时空转录组FFPE产品方案重磅发布:编码及非编码RNA共捕获!

  • 利用“随机探针”对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获,并通过空间条形码(Coordinate ID,CID)还原回空间位置,可实现全物种全转录组空间表达图谱的构建。

  • 利用StereoMap可视化分析工具,用户可进行真正的空间单细胞水平分析。同时,全新的StereoMap还支持第三方细胞分割工具,以满足复杂且多样化的科学研究需求。

结 语

空转技术的选择需紧扣科学问题本质:

问"细胞如何互作"? → 选高分辨率(HD/Xenium)

问"组织区域功能"? → 选大视野(Visium V2/Stereo-seq)

问"临床样本怎么办"? → Cytassist解锁FFPE无限可能

精准匹配技术优势与生物问题,揭开空间生物学的新维度!