2016-09-21
研究背景
外显子组测序可以帮助识别人类癌症发病过程中的基因突变。研究人员可以利用外显子组测序技术检测到倾向于让细胞癌变的生殖细胞遗传变异，利用测序信息结合临床特征可对相关遗传病做出正确的诊断。今天小编和大家分享一篇利用外显子组测序技术检测SV突变在癌症检测分析中的应用。哈佛大学医学院的Peter J. Park和韩国成均馆大学医学院Yoon-La Choi及他们的研究团队，利用外显子组测序技术检测基因组的结构变异（SVs）。通常全基因组测序比全外显子组测序对SV的检测更为敏感，但是基于全外显子组测序更大的数据量，使得通过全外显子组测序分析SV变得有价值。
研究思路
外显子组测序过程中，探针特异性结合在外显子或者外显子与内含子的边界处。因此当SV断点发生在外显子区域或者靠近外显子区域的时候，且DNA和探针具有足够多的重叠区域时，包含有SV断点的DNA即可被捕捉测序，过程如图1:
图1：外显子组测序工作流程
研究结果
研究者检测了15种肿瘤共4609个样本，检测到9171个高可信度的SV变异，并注释了多种相关的融合基因和驱动基因，示例如图2：
图2：基因融合的检测
并选取了两个融合基因CEP85L-ROS1和ROR1-DNAJC6进行了体内和体外的实验验证。
图3：CEP85L-ROS1和ROR1-DNAJC6基因的功能验证
同时发现，大量的SV变异和致癌基因上调突变相关。
图4：基因结构变异和致癌基因上调关系
结论
本研究开发了新的外显子组数据测序的分析方法，挖掘了外显子组测序的潜力，验证了外显子组测序技术在肿瘤基因诊断方面的强大能力和广泛应用。
参考文献
Yang, Lixing et al. Analyzing Somatic Genome Rearrangements in Human Cancers by Using Whole-Exome Sequencing. The American Journal of Human Genetics , Volume 98 , Issue 5 , 843 - 856.
