2015-12-28
✎ 简介
β-二酮类抗生素（DKAs）被广泛用于人类和动物疾病的治疗和预防，但它的残留物会导致严重的环境生物学效应，并具有很强的遗传毒性，如DNA损伤。以前的分子毒物学研究主要针对单个基因的表达水平，在转录组水平对β-二酮类抗生素处理后的斑马鱼基因表达量变化的研究还不多。为探讨斑马鱼受β-二酮类抗生素胁迫后生长发育的影响，温州医科大学生命科学学院王慧利老师和她的团队将斑马鱼胚胎暴露在β-二酮类抗生素中6天，并用未处理的样品作为对照。斑马鱼幼体孵化90天后，提取斑马鱼全部RNA进行转录组测序。 结果显示β-二酮类抗生素处理后实验组和对照组分别共检测到23550和23129个基因，其中3238个基因有差异表达，328个基因表达出现明显差异。
此外，他们还对这些差异基因进行GO分类和KEGG通路富集分析，发现77个差异表达基因注释到132个KEGG代谢通路上，并找到与肝组织损伤所对应的差异表达基因。 该研究成果Chronic Toxicological Effects ofb-Diketone Antibiotics on Zebrafish (Danio rerio) Using Transcriptome Profiling of Deep Sequencing于近日发表在Environmental Toxicology（影响因子3.197）杂志上。斑马鱼的转录组测序及信息分析工作，由上海派森诺生物科技股份有限公司完成，这也是派森诺生物继武昌鱼转录组、青海裸鱼转录组测序、南极冰鱼转录组测序、鳜鱼转录组和两篇比目鱼转录组测序后的第七篇鱼类转录组测序文章。
✎ 实验方法
对斑马鱼进行β-二酮类抗生素处理，未处理组作为对照，取斑马鱼幼体提取RNA进行转录组测序
✎ 样本量
2个样本
✎ 测序平台
Illumina Miseq平台
✎ 分析内容
1. Unigene统计
2. 基因表达差异分析
3. GO注释
4. KEGG代谢通路分析
5. qPCR验证
6. 肝脏组织病理学分析
✎ 结果展示
图1. 斑马鱼转录组测序转录本丰度统计
图2.斑马鱼转录组测序GO基因功能注释
图3. 斑马鱼转录组测序Notch信号通路分析
✎ 参考文献
Wang H, Xiaohan Yin, Li F, et al. Chronic toxicological effects of β-diketone antibiotics on Zebrafish ( Danio rerio ) using transcriptome profiling of deep sequencing[J]. Environmental Toxicology, 2015.
本文由派森诺RNA-Seq技术支持马培培整理
