2015-11-23
简介：
青海湖裸鲤（Gymnocypris przewalskii）为青海省重要经济鱼类，其野生种遭受过度捕捞，人工养殖种易受各种病原体侵染。为阐明青海湖裸鲤的免疫机制，中国科学院西北高原生物研究所赵凯研究员和他的团队对来自青海湖的三条平均体重在25.2g的青海湖裸鲤进行解剖，取免疫器官肾脏和鳃的组织样本进行转录组测序。
测序共得到158,087 unigenes，其中2,687 unigenes为鳃特有的，3,215 unigenes为肾脏特有；进一步的分析表明，许多同源序列共调于已知的免疫相关基因，有56,270 unigenes注释到特定通路上，能比对到大量的免疫相关的通路。此外，作者发现几种基因和基因家族在toll-like受体信号通路参与先天免疫，包括toll-like受体(TLRs)，干扰素调节因子(IRFs)，白细胞介素(ILs)和肿瘤坏死因子(TNFs)。青海湖裸鲤的系统发生分析显示这些基因大多接近斑马鱼；最终共检测到23,867个SSR分子标记。
综上所述，本研究不仅提供大量青海湖裸鲤免疫力的候选基因，同时也有助于提高对高原鱼类免疫遗传学基础和免疫相关基因和基因家族的进化历史的理解。该研究成果Transcriptome profiling analysis of naked carp (Gymnocypris przewalskii) provides insights into the immune-related genes in highland fish于2015年6月24日发表在Fish & Shellfish Immunology（影响因子2.674）杂志上。
青海湖裸鲤的转录组测序及信息分析工作，由上海派森诺生物科技股份有限公司完成，这也是派森诺生物继两篇比目鱼转录组测序、一篇武昌鱼转录组后的第四篇鱼类转录组测序文章。
方法：
对来自青海湖的三条平均体重在25.2g的青海湖裸鲤进行解剖，取肾脏和鳃的组织样本进行转录组测序
样本量：
6个样本
测序平台：
Illumina HiSeq 2000平台
分析内容：
共有基因和特有基因分析
基因表达差异分析
聚类分析
eggNOG注释
KEGG注释
qPCR验证
结果展示：
图1 Unigenes的长度分布
图2 GO、COG基因功能注释
图3 基因表达差异及代谢通路分析
图4 先天免疫及TLR信号通路分析
参考文献：
Chao Tong, Cunfang Zhang. Transcriptome profiling analysis of naked carp (Gymnocypris przewalskii) provides insights into the immune-related genes in highland fish. Fish & Shellfish Immunology 46 (2015) 366-377.
本文由派森诺生物技术支持 徐宁宁整理
