2015-11-17
简介：
武昌鱼（Megalobrama amblycephala），又名团头鲂，原产于湖北鄂州，为重要淡水经济鱼类；武昌鱼对生长环境的含氧量要求较高，对氧量敏感；之前没有通过转录组测序分析武昌鱼生长与氧量关系的报道，与氧量变化相关的基因的报道也较少。上海海洋大学教授邹曙明博士和他的团队对生长速度不同的两个家系武昌鱼经过缺氧处理，提取肝脏和鳃两个组织样本进行转录组测序，分析不同样本间的差异表达基因，推断快速生长的武昌鱼在缺氧条件下，具有复杂的多基因调控机制。该研究成果Transcriptome Analysis of Blunt Snout Bream (Megalobrama amblycephala) Reveals Putative Differential Expression Genes Related to Growth and Hypoxia于2015年11月10日发表在PLoS ONE（影响因子3.234）杂志上。武昌鱼的转录组测序及信息分析工作，由上海派森诺生物科技股份有限公司完成，这也是派森诺生物继两篇比目鱼转录组测序后的第三篇鱼类转录组测序文章。
方法：
对快速和慢速生长的武昌鱼家系分别进行缺氧和常氧处理，取肝脏和鳃进行转录组测序
样本量：
8个样本
测序平台：
Illumina HiSeq 2000平台
分析内容：
共有基因和特有基因分析
基因表达差异分析
聚类分析
eggNOG注释
KEGG注释
qPCR验证
结果：
共得到185M 高质量reads，465,582 contigs和237,172 transcripts，将31,338 transcripts注释到104个功能组中，包括45个KEGG代谢通路。找到与含氧量和生长速度相关的差异基因并确定数量。本研究为进一步开展武昌鱼在缺氧环境下的生长提供分子生物学基础，也为水产养殖品种的筛选提供参考和依据。
结果展示：
图1 eggNOG基因功能注释
图2 KEGG基因功能注释
图3 聚类分析及基因表达差异分析
图4 共有基因和特有基因分析
图5 qPCR验证
参考文献：
Li F, Chen J, Jiang X, Zou S. Transcriptome Analysis of Blunt Snout Bream (Megalobrama amblycephala) Reveals Putative Differential Expression Genes Related to Growth and Hypoxia. PLoS ONE. 2015; 10(11): e0142801. doi:10.1371/journal.pone.0142801
本文由王智健博士整理
