2015-11-05
胡萝卜(Daucus carrot)，又称甘荀，伞形科胡萝卜属二年生草本植物。其肉质根作蔬菜食用。胡萝卜原产亚洲西南部，现分布于各地，中国南北方都有栽培，产量占根菜类的第二位。胡萝卜富含维生素A，能防治夜盲症和呼吸道疾病，可抗癌。
目前，关于胡萝卜的生理特征的研究较为深入，但关于胡萝卜根生长发育过程的分子机制的研究还较少。
南京农业大学熊爱生老师和他的团队应用转录组测序方法，对胡萝卜根的四个发育阶段进行转录组测序并进行基因转录水平的研究，为胡萝卜根的生长的研究提供了有价值的参考信息。研究人员熊爱生等关于胡萝卜根转录组测序的研究成果《Sequencing, assembly, annotation, and gene expression: novel insights into the hormonal control of carrot root development revealed by a high‑throughput transcriptome》 于近期发表在《Mol Genet Genomics》（影响因子2.728）上。转录组测序及分析工作由上海派森诺生物科技股份有限公司协助完成。
以前的研究表明激素调节是根生长不可缺少的因素，胡萝卜的根是可食用的蔬菜并具有很高的营养价值，但是胡萝卜根的生长是否经历了激素介导，目前还没有很系统的研究。本研究利用Illumina HiSeq平台对胡萝卜四个不同的发育阶段的根进行了转录组测序 ，共获得了32,716 unigenes（平均长度为1,453 bp）。共发现了4,818 unigenes存在表达差异，其中87个基因与激素相关。研究结果表明植物激素具有调节胡萝卜根的功能，本研究的结果为胡萝卜根的生长的研究提供了重要价值。也进一步表明了利用Illumina HiSeq平台可以快速而有效地获取胡萝卜根的转录本信息，为胡萝卜根的发育机制的研究提供基础 。
研究流程：
部分研究结果：
原文索引：
Wang, G. L., Jia, X. L., Xu, Z. S., Wang, F. & Xiong, A. S. Sequencing, assembly, annotation, and gene expression: novel insights into the hormonal control of carrot root development revealed by a high-throughput transcriptome. Mol Genet Genomics290, 1379-1391, doi:10.1007/s00438-015-0999-5 (2015)
本文由市场部RNA-seq团队整理
