2015-10-30
简介：派森诺生物与上海交通大学赵俊龙老师携手合作，应用转录组从头测序方法，对黄瓜的mict突变体—即所有的毛状体显示微尺度和发育不良的形态、mict的突变体—即完全无毛状体的表型进行了基因转录水平的研究，结果为进一步研究相关的分子网络机制以及研究这个复杂和种特异的发育过程提供一个新的视角。作者赵俊龙和通讯作者潘俊松等关于黄瓜突变体转录组测序的研究成果《Transcriptome analysis in Cucumis sativus identifies genes involved in multicellular trichome development》于2015年8月发表在《Genomics》上。
毛状体是大部分陆生植物由表皮元的细胞高度专业化的结构，它们在许多方面扮演了一个重要的生物和非生物的角色，如昆虫、草食动物和微生物防御、调节水分蒸发 、光反射(包括紫外线)、收集和传播花粉、水分和养分的吸收、金属离子和污染物的分泌；减少机械磨损，表面温度调节等。研究人员以黄瓜的mict突变体和正常黄瓜为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000平台对黄瓜的叶片和幼果进行全基因组转录组分析。通过转录组情况，确定共有1391个基因差异表达。文章进一步用qRT-PCR验证转录组数据的准确性，发现43个基因编码关键转录因子可能参与了多细胞毛状体的发育。这43个候选基因被分为七组：同源域，MYB，WRKY，bHLH,乙烯应答、锌指和其他转录因子基因。此次研究也为进一步研究相关的分子网络机制提供了有力依据，并为研究这个复杂和种特异的发育过程提供一个新的视角。该研究的高通量测序和信息分析由上海派森诺生物科技有限公司协助完成。
方法：正常的和mict突变的黄瓜 样本量：2 测序平台：Illumina HiSeq 2000平台 分析内容：GO注释、eggNOG注释、KEGG注释、差异基因分析 |
紧接着作者又以黄瓜的突变体tril——即完全无毛状体的表型为研究对象进行了基因转录水平的研究，结果为研究多细胞毛状体发育的分子网络机制提供有用的工具。作者赵俊龙和通讯作者潘俊松等关于黄瓜突变体转录组测序的研究成果《Transcriptome proiling of trichome‑less reveals genes associated with multicellular trichome development in Cucumis sativus》于2015年8月发表在《Mol Genet Genomics》上。
植物上的毛状体，类似于动物和人类的身体毛发，对植物生存和发育发挥了重要的作用，它们也代表了细胞分化研究的一个有用模型。研究人员以黄瓜的tril突变体和正常黄瓜为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000平台对黄瓜的叶片和幼果进行全基因组转录组分析。通过转录组测序比较了tril的突变体和野生型，总共991个基因表现出差异表达：518个基因表达上调，473个基因表达下调。进一步确认62个编码关键转录因子的差异表达基因，并被细分为七类：同源域，MADS，MYB，WRKY，乙烯应答，锌指和其他转录因子基因。作者使用qRT- PCR进一步分析了两个候选基因的组织表达谱—GLABRA2-like，发现这两个基因分别在表皮和毛状体中特异表达。这些结果和tril突变体为研究多细胞毛状体发育的分子网络提供了有用的工具。该研究的高通量测序和信息分析由上海派森诺生物科技有限公司协助完成。
方法：正常的和tril突变的黄瓜 样本量：2 测序平台：Illumina HiSeq 2000平台 分析内容：GO注释、eggNOG注释、KEGG注释、差异基因分析、qPCR验证 |
本文由市场部技术支持 徐宁宁整理
原文索引：
1、Jun-Long Zhao, et al., Transcriptome analysis in Cucumis sativus identifies genes involved in multicellular trichome development, Genomics (2015)
2、Jun-Long Zhao, et al., Transcriptome proiling of trichome‑less reveals genes associated with multicellular trichome development in Cucumis sativus，Mol Genet Genomics (2015)
