2015-03-04
派森诺生物与上海交通大学孟和教授领衔的团队携手合作，应用高通量测序的方法和宏基因组分析手段对猪肠道微生物中的构成进行了测序和分析。文章采用独特的视角，比较了来自于猪粪便中的微生物和猪不同肠段中的微生物的组成情况，并预测了微生物的功能。研究成果《The Dynamic Distribution of Porcine Microbiota across Different Ages and Gastrointestinal Tract Segments》于2015年2月发表在Plos one上。
研究人员以10头白猪为研究对象，通过收集其不同年龄段（1月龄、2月龄、3月龄和6月龄）的粪便样本以及6月猪的不同肠段（空肠、回肠、盲肠和结肠）的内容物样本，共80个样本，采用llumima Miseq平台，对80个样本的16S DNA V4区进行深度测序。分析结果表明， 成年猪（2月龄、3月龄和6月龄）的猪肠道微生物与1月龄猪相比，其中厚壁菌门比上拟杆菌门的比例高10倍。随着猪的生长，在粪便中，微生物的组成也逐渐趋于稳定。在2月龄、3月龄和6月龄猪的小肠（空肠和回肠）和大肠（盲肠和结肠）内容物中，微生物构成有很大不同，在小肠中的优势菌属是需氧菌或兼性厌氧微生物，然而，在大肠中的优势菌属全部是厌氧微生物。同胃肠段相比，在粪便中的微生物组成有很大差异，和小肠相比，大肠微生物的构成和粪便微生物的组成更接近，大肠微生物和小肠微生物构成和粪便微生物相似度分别为0.75和0.38。根据宏基因组菌群构成对其功能进行预测，结果表明在大肠中，与代谢途径，代谢类疾病相关的功能所占比例比较高；而在小肠中，传染类疾病，免疫功能疾病以及与癌症相关的功能所占比例更加丰富。与肠道内容物相比，粪便微生物在代谢途径中的功能比较丰富。
本研究结果有利于人们理解在猪成长过程中微生物动态转移的情况，而且也确定了在成年猪中，不同的胃肠道段细菌群落的分布情况。
原文索引
Wenjing Zhao, Yapeng Wang, Shuyun Liu, Jiaojiao Huang, Zhengxiao Zhai, Chuan He, Jinmei Ding, Jun Wang, Huijuan Wang, Weibing Fan, Jianguo Zhao,He Meng. The Dynamic Distribution of Porcine Microbiota across Different Ages and Gastrointestinal Tract Segments. PLos one,2015,10(2): e0117441.
原文链接
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0117441
