2015-01-27
简介：派森诺生物与上海交通大学孟和教授课题组携手合作，通过 Illumina HiSeq2000 高通量测序平台，应用限制性酶切位点关联DNA测序技术（RAD-seq），对16种中外鸡品系共72个个体进行了简化基因组测序，并对单核苷酸多态性（SNP）的丰富程度进行了统计和分析。通过此次研究，在原有的SNP基础上又发现一些新的SNP位点，并通过对SNP的统计计算出16个鸡品系的遗传多样性水平。
派森诺生物与上海交通大学孟和教授课题组携手合作，应用简化基因组测序方法，对16种中外鸡品系的遗传多样性水平进行了研究。作者翟正晓和通讯作者孟和教授关于鸡简化基因组测序的研究成果《SNP discovery and genotyping using restriction-site-associated DNA sequencing in chickens》于2015年1月发表在《Animal Genetics》上。
研究人员以13个本土鸡品系和3个外来鸡品系共72个个体为研究对象，利用Illumina HiSeq2000高通量测序平台，运用简化基因组测序方法，选择HindIII作为限制性内切酶。对测序结果进行统计，发现每个个体产生的标签数在166006～629470之间，平均数据量为620M。利用STACKS软件进行SNP calling ，样本得到的平均SNPs数目为75587个，通过与NCBI dbSNP比对，其中有15404个SNPs是新发现的突变位点。
本研究在家禽动物-鸡中利用简化基因组测序的方法进行遗传方面的研究，验证了该方法用于家禽动物遗传分析的可行性，并为分子标记辅助育种奠定基础。同时，此次研究结果也为其他农用牲畜在分子遗传方面的分析提供了参考依据。本研究的高通量测序和信息分析由上海派森诺生物科技有限公司协助完成。
原文索引：
[Zhai Z, Zhao W, He C, et al. SNP discovery and genotyping using restriction‐site‐associated DNA sequencing in chickens[J]. Animal Genetics, 2014.]
文章链接：http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/age.12250/full
