2015-01-20
派森诺生物与武汉植物园胡涛老师携手合作，应用转录组从头测序方法，对植物高羊茅进行了基因转录水平的研究，揭示了其耐高温分子机理。作者胡涛和通讯作者傅金民关于高羊茅转录组测序的研究成果《An RNA Sequencing Transcriptome Analysis of the High-temperature Stressed Tall fescue Reveals Novel Insights into Plant Thermotolerance》于2014年12月发表在《BMC Genomics》上。
研究人员以极端耐热和不耐热高羊茅为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000平台对冷季型草坪草进行全转录组从头测序分析，共获得262 百万条高质量的reads。经过软件拼接组装，共得到31,803 unigenes （最大长度为17,029 bp, 平均长度为1,840 bp，N50为2,584 bp），其中有12,974 个unigenes在高温胁迫下表达存在显著差异。结果显示：在热刺激后，这些差异unigenes主要富集在细胞分裂及细胞周期功能类中；同时，低分子的热休克蛋白（HSP20）在两种高羊茅中均被激活，而高分子的热休克蛋白（HSP90）仅在耐热型高羊茅PI578718中表达，这些结果将有助于解析高羊茅耐高温的分子机制；同时该研究获得了大量的表达差异的unigenes，说明利用Illumina HiSeq 2000平台可以快速而有效地获取高羊茅的转录本信息，极大的丰富了冷季型草坪草耐高温基因资源。该研究的高通量测序和信息分析由上海派森诺生物科技有限公司协助完成。
原文索引：
[Hu T, Sun XY, Zhang XZ, Eviatar Nevo, Fu JM. An RNA Sequencing Transcriptome Analysis of the High-temperature Stressed Tall Fescue Reveals Novel Insights into Plant Thermotolerance. BMC Genomics, 2014, 15: 1147. doi:10.1186/1471-2164-15-1147.]
文章链接：
http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/1147/abstract
