2018-07-03
一般做完转录组的基本分析，下一步肯定是对分析数据进行挖掘，后期会经常出现各种各样的聚类图需求，今天我们就来详解一种自己DIY聚类图的方法，快把技能get起来！
首先来看准备清单：
1、两款分析软件的安装
Cluster 3.0 http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm
TreeView http://jtreeview.sourceforge.net
样品的差异基因表达量通过 Cluster 3.0 进行基因间和样品间的聚类分析，得到的聚类结果通过 TreeView 绘制出来。
2、 输入文件整理
首先对expression.xlsx表格进行整理，原表示例如下：
将表格只保留gene-id 和样本的rpkm列，并将CK1：rpkm改为只有样品名CK1，示例如下：
从修改好的表格中筛选需要进行聚类的目的基因，比如挑选9个基因，得到最终表格如下：
新建一个txt文本文件，将目的表格中的数据粘贴到txt中，比如命名为1.txt，示例如下：
这时输入文件就整理好啦，下面就进入正经的分析步骤，这时候小本本可以拿出来了：
分析步骤：
Cluster分析
将1.txt文件保存后，导入下载的 Cluster 3.0 软件中，可以看到中间有个横条：
第一个Filter Data点击后的内容，不做任何选择，第二个adjust data更改如下，选完后，点击apply键。
第三个是聚类的方法hierarchical，操作如下，选择后点击complete键：
这些操作完成后会形成3个文件：
┃ ├───1.cdt 聚类分析文件
┃ ├───1.gtr 聚类分析基因树文件
┃ └───1.atr 聚类分析样品树文件
cdt是用来用TreeView显示聚类树图的，其他文件都可以用文本或者写字板，或者表格等形式打开，一般比较大的打不开的文件，可以下载editplus软件来进行打开。
TreeView编辑图像
打开TreeView，点开file，open打开上一步生成的1.cdt
结果显示如下：
打开最上面工具条里的settings，选择Pixel settings，设置如下：
设置好后，点close，然后点开工具条中的Export, 选择save tree image，设置如下：
点击save之后会保存图片，结果展示如下，右侧是样本名，下方是基因名：
如果只展示样本名，再上一步export的设置中，如图所示，gene headers 中的gene -id不选择：
然后save结果就会只显示样品名：
最后点开Export，选择export Colorbar to image，设置如下：
点击save之后会出现Colorbar图片，整合图片后，即为聚类结果
心动不如行动，需要聚类图的你赶紧DIY起来吧！
文案：转录调控事业部
