2018-11-15
文案 | 微生物组事业部
高通量测序技术的发展，不仅让我们对微生物的群落结构有了更全面的了解，更是大大加快了对微生物群落功能代谢的研究进程，也让越来越多的老师们注意到了PICRUSt功能预测与宏基因组测序，并在这两大利器的加持下，更深入的挖掘到了微生物群落代谢功能的相关信息！
相信老师们在做完PICRUSt代谢功能预测或宏基因组测序之后，都会得到许多的K numbers，这可是个好东西！这些K numbers数据，能够帮助各位老师在KEGG数据库中找到它们所涉及的代谢通路图，获得更深层的代谢信息！
KEGG数据库，是一个能系统分析基因功能，将基因与功能信息相联系（划重点！！）的大型知识库，它还将代谢通路进行了归类与进一步的等级划分，就像下面这样↓↓↓
有意思的是，KEGG还具有强大的作图功能，能利用图形来展示众多的代谢途径以及各途径之间错综复杂的关系，比如刚才咱们提到的代谢通路图！
说到这里，这个代谢通路图要怎么做呢？为了方便各位老师分析，我们特地整理了一套简单的KEGG代谢通路图的在线制作流程。
话不多说，点击下方链接：
https://www.genome.jp/kegg/pathway.html
然后我们就看到下面这个有着花花绿绿logo的KEGG数据库啦，数据库的首页就展示了各种1级通路的信息与部分2级通路的信息：
点击你需要的1级通路信息，就可以看到相应的2级和3级通路信息，就像下面这样：
然后找找看有没有你关注的通路信息！找到了？好嘞，点进去！
看到新页面没有？这个页面已经自动生成了该通路的通路图：
但是这些通路看不出来和我们的数据有什么联系啊！
别急！点击绿色框框里的User data mapping，会跳出来一个小框：
没错，就是它！
在这个框里输入/复制咱们预测得到的K numbers信息（这个信息可以在PICRUSt功能预测结果文件夹中的predicted_metagenomes_kegg.txt表格里找到）：
就像这样~
点击Pathway mapping，等待一会儿，我们会看到对话框中显示了该通路中已预测到的K numbers的信息，还标注了其功能基因的信息：
接着，原来的网络图也会更新，就像下面的图一样，图中用红色特别标注的就是涉及到的路径了！
最后，右键另存为就可以把查到的代谢通路图保存下来咯~
到这里，整个代谢通路图就完成啦，是不是很方便呢？
小编偷偷告诉列位看官，其实KEGG的用途远不止这些，它还可以生成代谢通路富集分析的结果、差异比较的结果等等……如果想要了解更多KEGG分析的方法，请不要犹豫，第一时间联系我们派森诺生物哦，我们将为您提供全方位的服务和解答！
