2018-12-11
冷空气过境，天气一秒入冬，大雪纷飞的日子，喝点万能的热水，咱们来热身一下。关于定量蛋白组学，做项目的时候经常会面临一个选择，项目是该做非标记蛋白组还是做标记蛋白组呢，今天咱们就来讨论一下标记和非标记蛋白组的适用问题。
标记蛋白组
以iTRAQ和TMT为代表的标记蛋白组，主要是使用同位素标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，进行串联质谱分析，最终得到蛋白的定量信息。iTRAQ和TMT二者的区别，主要是采用的标签数不同，iTRAQ采用4种或8种同位素的标签， TMT采用2种、6种或10种同位素的标签。
标记蛋白组特点
▶ 快速、准确：可同时对2-10 种不同条件样品进行蛋白质差异分析，不同标签混合后上机，具有较好的平行性，实验误差小。
▶ 样本广泛：对各种来源的样本的都可以进行分析，且几乎可以跟样本中所有蛋白种类结合。
▶ 灵敏、高效：与凝胶分离的蛋白质定量技术相比，标记质谱定量技术可检测到更多类型的蛋白质分子，如低丰度蛋白质、强酸（碱）性蛋白质、<10KD 或>100KD 的蛋白质分子。
非标记蛋白组
label-free是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。
非标记蛋白组特点
▶ 成本低：无需昂贵的同位素标签做内部标准，实验耗费低；
▶ 操作少：对样本的操作少，从而使其最接近原始状态；
▶ 受样本限制少：不受样品条件的限制，克服标记定量技术在对多个样本进行分析方面的缺陷；
▶ 平行性要求高：对实验操作稳定性、重复性要求高，要求至少做三次生物重复。
▶ iTRAQ/TMT和Label-free技术的比较：
所以综上所述，不是哪个方法热度高就选哪个，而是要根据自己的实验目的和样本具体情况，选择最合适自己的项目类型，需要做蛋白组的小伙伴快来了解一下吧。
