2019-08-07
文案 | 派森诺基因组
40℃夏季高温，实验室劳累了一天，做研究的过程中却总是各种无奈，定位不到区间，找不到控制性状的候选基因？
派森诺基因组，已为您准备好夏季清凉果盘，助力水果性状的初定位。
西瓜BSA-矮杆性状基因定位
西瓜是世界上食用最多的五种水果之一，占全球蔬菜种植面积的7%。矮秆是西瓜最重要的性状之一，分别选取30株矮秆西瓜，30株正常西瓜DNA等量混合构建极端混池；同时对两个亲本单独建库，得到了352,000的SNPs，其中纯合SNP为97,186个，注释得到了4个候选基因，提出基因Cla010726 可能是西瓜中矮秆性状的候选基因，通过qRT-PCR的方法验证ClaGA20ox 基因是造成西瓜矮化的主要原因之一。
梨BSA-梨皮颜色基因定位
研究者使用F1群体中的28个红皮梨和27个绿皮梨构建混池，将 QTL区间定位于5号染色体上。开发候选区间中的indel和SSR标记，将候选基因定位于582.5kb区间内，一些已知与花青素合成相关的NAC、WRKY转录因子位于该区间的81个基因中。3个标记与红绿皮基因连锁，可以用于鉴定亚洲梨群体中的红皮性状。
番茄BSA-果实大小基因定位
利用全基因组变异数据对番茄进行系统发生和群体结构分析，发现番茄群体分为3个亚群，即醋栗番茄、樱桃番茄和大果栽培番茄。通过群体间核苷酸多样性比较，鉴定了186（64.6 Mb）个驯化阶段和133个改良阶段受选择的区域(54.5 Mb)，结合控制果实重量的QTLs分析，发现5个驯化基因/QTL和13个改良基因/QTL受到人类的定向选择。
柑橘BSA-多胚化基因定位
本研究利用构建的柑橘基因组结合前期构建的遗传群体，针对性设计了极端表型混池测序和局部基因关联分析的策略，将柑橘多胚位点定位到一段80Kb的区域，包含11个候选基因。进一步精细剖析发现候选基因CitRWP 与多胚性状的关联程度最高，并表现出胚珠特异表达的特点，且在多胚的表达显著高于单胚。
以上就是小编给各位圈友介绍的水果BSA性状定位的典型案例。
利用BSA定位目标基因，不同的群体、不同的项目策略、不同的定位方法，结果可能会出现不同的效果。派森诺为您提供适合的研究方案，帮助您快速定位到候选区间，为您的科研之路保驾护航！
参考文献
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3. Lin Tao,Zhu Guangtao,Zhang Junhong et al.Genomic analyses provide insights into the history of tomato breeding.[J] .Nat. Genet., 2014, 46: 1220-6.
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