2019-09-10
不知各位小伙伴是否有过这样的体验：
拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果，热火朝天地查找文献、挖掘信息，最终确定了目标基因，正准备设计引物进行qPCR验证时，却发现怎么都找不到基因的序列。
于是便有了以下这段对话：
由于篇幅有限，这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说，让我们开始吧！
利用Ensembl数据库查找目标序列较为简单，只需根据物种分类，进入不同的库，然后搜索对应的基因ID即可。我们以大鼠为例，具体操作如下：
01、进入Ensembl数据库
登录网址https://asia.ensembl.org/index.htm，在搜索栏输入基因ID进行搜索：
02、搜索结果如下
03、点击第一个结果，然后点击左边的sequence
04、得到以下结果
05、下载相应的序列
点击download sequence，出现界面如下，选择要下载的序列类型，如cDNA，cds，还是最后的genomic sequence即DNA基因全长序列，最后点击download，即可下载相应的序列。
总体而言，Ensembl数据库对基因信息的呈现方式较为直观，查找起来也十分方便。需要注意的一点就是：Ensembl根据物种所属类型的不同，细分出了多个不同的库，因此我们查找基因时，也应“有的放矢”，选择正确的数据库。
如果蝇的基因，可在Ensembl Metazoa库中查找：
水稻的基因，则应在Ensembl Plants库中查找：
Ensembl根据物种类型划分的各数据库网址如下，供大家参考：
看到这里，您是否对在Ensembl数据库查找目标基因序列的方法有所了解了呢？
