2019-10-08
上一期为大家介绍了用主流基因组数据库查询物种基因组的办法。那么问题来了，当在这些数据库中没有查到目标物种参考基因组，就一定是无参吗？这期我们就给大家列举一些主流基因组数据库之外的Genome Data base。
以植物基因组为主，且植物基因组更新较快，其他物种的更新较慢。
1、植物：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#
2、真菌：https://mycocosm.jgi.doe.gov/mycocosm/home
3、微生物：https://img.jgi.doe.gov/
还有一些物种有专门整理的基因组数据库，不同种对应的基因组清晰明了。
http://cucurbitgenomics.org/
https://www.citrusgenomedb.org/
http://tpia.teaplant.org/download.html
水稻基因组Ensembl与NCBI都有收录，主要分为粳稻与籼稻，比较方便查到。
MSU数据库：http://rice.plantbiology.msu.edu/
RAP-DB数据库：https://rapdb.dna.affrc.go.jp/
当我们不确定一个物种是否有参考基因组的时候，建议先通过NCBI与ensembl数据库进行搜索。
同一个数据库有多个基因组的时候，看每个基因组是不是都有完整的注释，拼接水平，注释程度等，以及基因组版本是否来自不同品种。
不同数据库都有基因组的时候，大多数是因为同一个基因组被不同数据库收录，可以对比基因组大小，注释信息是否一致，以及更新时间等信息。
当主流数据库都找不到基因组的时候：
（1）搜索该物种发表文章，报道等，看有无基因组发表信息。很多时候，即使有报道出来，基因组项目也未必进行完全，或者尚未公开数据。
（2）看该物种转录组文章做得有参还是无参，有参的话文章中会提到参考基因组信息。
（3）查询是否有专门的基因组数据库整理了该类物种的基因组信息。
有了这些基因组查找方法，小伙伴们就能自己查找确认目标物种是否有参考基因组了！
