2019-12-22
ATAC-Seq （Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）作为表观遗传学研究技术大家庭中的重要成员，已经在越来越多的研究中得以应用。其技术原理见：https://mp.weixin.qq.com/s/fVXgsHm8FNtkJFTFZuIQZQ。
今天，我们来带大家看一篇ATAC-Seq在植物中的应用案例，为广大植物表观遗传研究者提供思路。
发表期刊：Plant Journal 发表年份：2018 影响因子：5.726
细胞的分化是由转录因子(TFs)活性的改变以及随后的转录改变所驱动的。为了研究这一过程，可以通过探测染色质的可及性来推断细胞类型之间TF结合的差异。此研究使用细胞类型特异性核纯化，然后进行ATAC-Seq测定，以描述拟南芥茎顶端分生组织(SAM)干细胞和分化的叶肉细胞之间染色质可及性和TF调控网络的差异。
研究思路
图1 转基因株系特征以及ATAC-Seq数据概况
图2 干细胞与叶肉细胞染色质可及性的差异
图3 转座酶超敏位点中序列基序
图4 干细胞和叶肉细胞中关键TF的调控途径
本研究发现，在每个细胞类型中优先表达的多个TFs可以广泛地共同调控靶基因。有趣的是，这些细胞类型丰富的集合中的TFs也显示出广泛的相互调节的现象。叶肉细胞中优先可及的染色质区域在干细胞中也基本可及，反之则不然。这一观察结果表明，干细胞中调控元件的高可达性可能有助于其发育可塑性。
Sijacic P, Bajic M, McKinney E C, et al. Changes in chromatin accessibility between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells illuminate cell type‐specific transcription factor networks[J]. The Plant Journal, 2018, 94(2): 215-231.
