2019-12-31
作为一个精致的circRNA研究者，这些数据库你可不能不知道，今天带你从circRNA研究小白快速晋升为大神。
环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子（在活体中有时也有表达），也是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。在功能上，近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA（miRNA）结合位点，在细胞中起到miRNA海绵（ miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；这一作用机制被称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。目前报道称，circRNA与动植物的应激胁迫，生长发育和疾病病理方面都有着非常重要的作用。
利用高通量测序可以非常快速便捷的得到生物体表达的circRNA相关信息。在我们完成测序工作后，如何进一步分析挖掘我们的数据呢？这个时候，给大家介绍几大数据库，方便推进我们的研究工作。
此处小编插一句话：由于咱们互联网的迅猛发展，网络信息纷繁复杂，以下数据库均为小编亲测可以使用，有些数据库链接都打不开了的，咱就不介绍给大家了哈~~
circBase 收集包括以下 6 个物种的 circRNA 信息：人 (hg19)、小鼠 (mm9) 、秀丽线虫 (ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库是目前相对收录信息比较全和完整的，数据也能下载，非常实用。该数据库特点是可以通过检索得知circRNA的基因组序列，位置信息，对应的基因信息，circRNA成环序列，相关文献链接等等，比较遗憾的是，目前这个数据库只能针对上述物种已知的circRNA进行信息检索。
（http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php）
circRNADb是一个人类circRNA的综合数据库。是首个汇总可编码蛋白的环状RNA的数据库，这个数据库的最新版本包含32914个带注释的外显子circRNA，对于大规模研究circRNA，特别是对人类的研究，是一个非常重要的资源。该数据库特点是界面清晰，设计比较人性化，设计了通过基因名称（Gene symbol），PubMed ID及细胞或组织类型三种检索途径，满足不同客户的需求。就目前来看，预测与验证circRNA编码多肽的功能也是环状RNA未来重要的研究方向。
TSCD是Tissue-Specific CircRNA Database的简写，是检索人和小鼠中组织特异性的circRNA信息的数据库，也包括成人和胚胎的不同组织。该数据库特点是可以通过检索得知不同组织中的特异性表达的circRNA，直接点击关注的circRNA还可以得知潜在结合的miRNA和蛋白种类，并且显而易见，该数据库提供两个基因组版本的circRNA信息哦。
（https://circinteractome.nia.nih.gov/）
数据库CircInteractome预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。可进行circRNA分子检索、circRNA结合蛋白预测、PCR引物设计、siRNA干扰序列设计等操作。该数据库特点就是功能全。目标筛选，数据挖掘，验证实验，该数据库伴您始终。
介绍了这么多数据库，大家是不是摩拳擦掌，跃跃欲试了呢？大家若在使用中有什么问题欢迎点击下方的留言咨询我们，派森诺将以专业的测序知识，优良的服务态度等待着大家。
