2020-02-21
miRNA通过负调控基因的表达可参与动植物的细胞增殖、凋亡、分化、代谢、肿瘤的生长发育以及逆境响应等多种生物学过程。基于高通量测序平台的miRNA与mRNA测序的研究屡见不鲜，为了寻找miRNA与mRNA的靶向调控关系，各种miRNA的靶基因预测软件也不断涌现，But…,有多少小伙伴被审稿专家质疑过miRNA靶基因预测结果假阳性高的问题而与理想的期刊失之交臂？
同学莫慌，有一种东西叫做降解组测序，不知道你晓不晓得？不要紧，咱们一起来看看。
Q1：什么是降解组测序 (Degradome Sequencing)？
主要针对miRNA介导的剪切降解片段进行测序，从实验中筛选miRNA作用的靶基因，并结合生物信息学分析优势，确定降解片段与miRNA精确的配对信息。
Q2：降解组测序的原理是什么？
在植物体内绝大多数的miRNA是利用剪切作用调控靶基因的表达，且剪切常发生在miRNA与mRNA互补区域的第十位核苷酸上。靶基因经剪切产生二个片段，5’剪切片段和3’剪切片段。其中3’剪切片段，包含有自由的5’单磷酸和3’polyA尾巴，可被RNA连接酶连接，产物可用于下游高通量测序；而含有5’帽子结构的完整基因，含有帽子结构的5’剪切片段或是其他缺少5’单磷酸基团的RNA是不被RNA酶连接，不能进入下游的测序实验的。由此来找到真正被miRNA降解的靶基因，摆脱软件预测靶基因的限制。
miRNA剪切靶基因原理示例图
Q3：降解组测序技术的应用？
① ：miRNA真正作用的靶基因鉴定。在利用降解组测序技术获得被miRNA剪切的基因后，进一步研究miRNA的调控机制。
② miRNA前体加工模式的研究，miRNA自我调控研究等。
Q4：降解组测序技术的研究材料要求？
① ：miRNA通过剪切方式来调控靶基因表达的机制普遍发生在植物体内，动物体内则较少。因此降解组测序更适合植物的miRNA靶基因鉴定。
② 由于降解组的结果鉴定依赖于跟已知序列信息比对，因此拥有完善转录组信息的物种更适合做降解组测序，才能挖掘更全面的降解信息。
看到这里相信大家已经认识降解组测序啦，在这个后基因组研究的时代，生命科学领域的研究越来越趋向于研究发现的验证，依靠生物信息学预测出来的结果越来越不被好的杂志所接受，所以建议小伙伴们经后的研究工作要重点考虑到如何让自己的研究成果被充分信服哦！
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