2020-02-25
期刊：International Journal of Molecular Science
影响因子：4.183。
上周带大家了解了降解组测序（点击查看），现在我们来分享一个降解组应用实例，这篇文章将降解组、转录组以及small RNA测序3种高通量测序手段结合在一起，通过整合分析解析了研究对象花的发育与脱落机制，该成果于2019年10月发表于International Journal of Molecular Science，影响因子4.183。
黄花羽扇豆是一种重要的经济作物，但通常由于花的脱落导致重大的经济损失。有研究证明小非编码RNAs (sncRNAs)可能在植物花的发育和脱落过程中的复杂分子作用网络中扮演着关键调控角色。本研究首次对羽扇豆花中的小RNA、转录组和降解组测序数据进行了全面的鉴定和分析，以阐明其在调节羽扇豆生殖发育中的作用。
研究方法
主要研究结果展示
miRNA差异表达分析
转录后调控-miRNA靶标鉴定（靶向剪切位点分析）
miRNA靶基因功能富集分析
miRNA和siRNA参与花的发育和脱落
本研究共鉴定出394个已知的和28个新的miRNA，以及316个阶段性的siRNA。59个miRNA在花在不同的发展阶段差异表达，在上半部分花朵与下半部分的花朵比较中鉴定出46 个差异表达的miRNA。TasiR-ARFs在花的发育过程中差异表达明显，且在花梗中表达更高。在与碳水化合物代谢和植物激素转导途径相关的功能分类中，差异miRNA靶基因优先富集。这一研究不仅有助于目前对羽扇豆花的发育和脱落过程的了解，而且也为作物改良研究提供了基础。
参考文献：Glazińska P, Kulasek M, Glinkowski W, et al. Integrated Analysis of Small RNA, Transcriptome and Degradome Sequencing Provides New Insights into Floral Development and Abscission in Yellow Lupine (Lupinus luteus L.)[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20(20): 5122.
