2020-03-13
又到了一年春暖花开的日子，全国疫情防控形势在持续向好。
在继续保持防范意识，努力保护自己的同时，科研工作者们也没有停下研究的步伐，今天小编就带大家了解一下常规转录组的升级版-“绝对定量转录组”。
什么是绝对定量转录组呢？
由于PCR偏好性等客观因素的影响，常规转录组测序的基因表达定量会受到影响。那么怎么来解决这一问题呢，绝对定量转录组通过加入UMI （Unique Molecular Identifier），一种特异序列标签，来解决了扩增重复问题。
在cDNA文库扩增前对每一个cDNA片段加上特异序列标签（UMI），该标签会随cDNA序列一起扩增测序，即来自于PCR扩增的序列会与原始序列带有相同的UMI，通过过滤带有相同UMI的重复序列还原RNA文库中最原始的RNA表达量，在组间基因表达相对定量的基础上实现绝对定量。
UMI绝对定量实验原理
绝对定量转录组测序技术优势：
RNA起始量低，更适合量少与珍贵样品；
基因表达水平的精准定量，避免低丰度基因丢失；
准确定量动植物中寄生菌的转录本；
可区分天然重复与扩增重复，准确识别可变剪切事件；
校正扩增过程中出现的碱基错误，使RNA编辑分析更为精准。
绝对定量转录组分析流程
项目流程图
跟常规转录组测序项目相比，绝对定量转录组测序技术在实验环节多了一步UMI的添加，在分析环节多了一步UMI数据过滤与统计，其余的分析内容和常规转录组一样哦！我们拥有近10年高通量测序经验，先进的测序平台，强大分数据处理服务器，经验丰富的实验、技术与生信团队，为您提供“售前咨询→样品提取→文库构建→上机测序→数据分析→技术答疑”一套完整的的服务，为您的科研工作保驾护航。
部分分析内容展示1
部分分析内容展示2
需要了解更多，参考文献来帮助：
1： Boone M, De Koker A, Callewaert N. Capturing the 'ome': the expanding molecular toolbox for RNA and DNA library construction. Nucleic Acids Res. 2018;46(6):2701–2721.
2.：Smith T, Heger A, Sudbery I. UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Res. 2017;27(3):491–499.
3： Emanuel G, Moffitt JR, Zhuang X. High-throughput, image-based screening of pooled genetic-variant libraries. Nat Methods. 2017;14(12):1159–1162.
4：Saiful Islam, et al. Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers. Nature Methods. 2014, 11:163-166.
5： Kivioja T, et al. Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers. Nat Methods. 2011, 9(1):72-4.
