2020-03-13
又到了一年春暖花开的日子,全国疫情防控形势在持续向好。
在继续保持防范意识,努力保护自己的同时,科研工作者们也没有停下研究的步伐,今天小编就带大家了解一下常规转录组的升级版-“绝对定量转录组”。
什么是绝对定量转录组呢?
由于PCR偏好性等客观因素的影响,常规转录组测序的基因表达定量会受到影响。那么怎么来解决这一问题呢,绝对定量转录组通过加入UMI (Unique Molecular Identifier),一种特异序列标签,来解决了扩增重复问题。
在cDNA文库扩增前对每一个cDNA片段加上特异序列标签(UMI),该标签会随cDNA序列一起扩增测序,即来自于PCR扩增的序列会与原始序列带有相同的UMI,通过过滤带有相同UMI的重复序列还原RNA文库中最原始的RNA表达量,在组间基因表达相对定量的基础上实现绝对定量。
UMI绝对定量实验原理
绝对定量转录组测序技术优势:
RNA起始量低,更适合量少与珍贵样品;
基因表达水平的精准定量,避免低丰度基因丢失;
准确定量动植物中寄生菌的转录本;
可区分天然重复与扩增重复,准确识别可变剪切事件;
校正扩增过程中出现的碱基错误,使RNA编辑分析更为精准。
绝对定量转录组分析流程
项目流程图
跟常规转录组测序项目相比,绝对定量转录组测序技术在实验环节多了一步UMI的添加,在分析环节多了一步UMI数据过滤与统计,其余的分析内容和常规转录组一样哦!我们拥有近10年高通量测序经验,先进的测序平台,强大分数据处理服务器,经验丰富的实验、技术与生信团队,为您提供“售前咨询→样品提取→文库构建→上机测序→数据分析→技术答疑”一套完整的的服务,为您的科研工作保驾护航。
部分分析内容展示1
部分分析内容展示2
需要了解更多,参考文献来帮助:
1: Boone M, De Koker A, Callewaert N. Capturing the 'ome': the expanding molecular toolbox for RNA and DNA library construction. Nucleic Acids Res. 2018;46(6):2701–2721.
2.:Smith T, Heger A, Sudbery I. UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Res. 2017;27(3):491–499.
3: Emanuel G, Moffitt JR, Zhuang X. High-throughput, image-based screening of pooled genetic-variant libraries. Nat Methods. 2017;14(12):1159–1162.
4:Saiful Islam, et al. Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers. Nature Methods. 2014, 11:163-166.
5: Kivioja T, et al. Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers. Nat Methods. 2011, 9(1):72-4.