2020-07-28
继上篇的m6A（RNA甲基化）自我介绍之后（直戳 今夏“C”位出道的“国自然”选手，算我一个 进入），今天我们一起来看看m6A修饰的检测方法，用对方法，事半功倍。
根据m6A（RNA甲基化）检测平台，我们将其分为质谱法、光谱比色法和高通量测序法（meRIP-seq）。
该方法主要通过使用结合酶处理和离子打碎的方式，把核酸打碎成核苷和碱基，通过质谱谱图和峰强度计算出m6A和总A的比例，从而得知m6A的整体水平。此种方法无法将m6A修饰定量到具体是哪种RNA发生了修饰以及修饰的具体位置，并且操作较为复杂，价格较为昂贵，平台限制较强。
图1 质谱检测m6A修饰的核苷色谱图
该方法同质谱法相同的一点在于：都是揭示样本m6A修饰总体水平，但是方法更为简单易操作。其方法原理类似于蛋白的Elisa检测。将目标RNA同m6A抗体孵育，然后将孵育后液体转移至包被m6A的孔板中孵育，然后洗脱（只有和孔板中m6A结合的m6A抗体才能保留下来），进行抗体信号生成反应，最后检测抗体信号。在整个实验过程中会使用到标准品的标准曲线进行精准定量。该方法一大优点是目前市面上已有众多成熟的试剂盒，可直接购买使用，方法成熟，操作简单，灵敏度高。
图2 比色法检测样本中的m6A整体水平
高通量测序，相信关注过我们公众号的老师们都不陌生，高通量测序主要是依赖于高通量测序仪对核苷酸序列实现序列组成测定的技术，因此，通过高通量测序技术检测m6A修饰（其中应用热门的技术就是MeRIP-seq）。那么我们就可以得知发生甲基化修饰的序列来源于哪个基因，甚至得知它的位置信息。具体怎么实现的呢？我们一起看一下。
图3 高通量测序技术检测m6A的详细位置和修饰水平
1、针对全基因组范围内检测m6A的存在；
2、m6A的检测结果可以精确到基因；
3、能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较；
4、检测平台为测序仪，仪器限制低，通用性高，重复性好；
5、结果可以和其他组学联合分析，从多维度讲述机制机理故事；
6、实验操作简单，入门容易。
希望通过今天的介绍，对于想做m6A修饰研究的老师能提供一些帮助，明确自己的研究目的，选择合适的检测方法，得到符合预期的结果，发出高分的文章~~
